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标题：表观遗传免疫编辑驱动胶质母细胞瘤免疫逃逸

时间：2021/04/29

单位：爱丁堡大学

期刊：Cell（IF 38.637）

平台：RNA-seq、RRBS、WGS、850K

摘要：多形式胶质母细胞瘤（GBM）是一种侵略性脑肿瘤，目前免疫治疗也难以派上用场。这篇文章中，研究人员主要探讨了 GBM 中的免疫逃避机制。通过连续将 GBM 干细胞（GSC）移植到免疫功能强的宿主中，来建立增强的免疫抑制性肿瘤微环境，发现 GSC 通过增强免疫抑制性肿瘤微环境来逃避免疫清除反应。该反应不是通过肿瘤亚克隆的基因选择而引起，而是通过表观遗传免疫编辑过程诱发的，在收到免疫攻击后，GSC 的转录和表观遗传发生变改变。这些变化启动了骨髓相关转录应答，增加肿瘤相关巨噬细胞的招募。此外，研究人员在人类间质亚型 GSC 中找到了类似的表观遗传和转录特征。结果表明，表观遗传免疫编辑可能通过重塑肿瘤免疫微环境，在较具侵袭性的间充质 GBM 亚型中驱动获得性免疫逃逸程序。

标题：microRNA 表达和 DNA 甲基化共同驱动乳腺癌的激素依赖表型

时间：2021/04/29

单位：奥斯陆大学

期刊：Genome Med（IF 10.675）

平台：450K、microRNA 芯片

摘要：DNA 甲基化异常是乳腺癌发病的早期事件。然而，这种改变是如何产生的仍然鲜为人知。microRNA 在转录后水平上调节基因表达，并在各种生物过程中发挥关键作用。这篇文章中作者将 miRNA 表达和 CpGs 的 DNA 甲基化关联，以研究 miRNA 如何影响乳腺癌的甲基化水平，以及 DNA 甲基化如何调节 miRNA 表达。文章中通过 miRNA- 甲基化数量性状位点（mimQTL）分析，关联了来自两个乳腺癌人群——OSLO2（n=297）和 TCGA（n = 439）的 miRNA 表达和 DNA 甲基化数据。对 mimQTL 的聚类分析确定了不同的 miRNA 和 CpGs 分组，这些组反映了与乳腺癌发病机理相关的重要生物过程。值得注意的是，两个主要的 miRNA 簇与免疫或成纤维细胞渗透有关，而另一个簇与雌激素受体（ER）信号有关。研究与雌激素信号相关聚类簇的 CpGs 甲基化水平发现，该聚类中的 miRNA 可能通过抑制 DNA 甲基化酶的水平调节 FOXA1、GATA2 和 ER-alpha 的表达。此外，在雌激素簇中，miR-29c-5p 与 DNA 甲基转移酶 DNMT3A 的 mRNA 和蛋白质表达呈负相关。结果表明，在乳房病变早期可能存在 miR-29c-5p 调控 ER 阳性乳腺癌的 DNA 甲基化异常。

标题：神经精神疾病对人脑区域特异性甲基化区域的影响

时间：2021/04/22

单位：约翰霍普金斯大学医学院

期刊：Genome Biol（IF 10.806）

平台：WGBS

摘要：大脑中的 DNA 甲基化变化与脑发育和神经精神疾病有关，大脑功能不同的区域 DNA 甲基化水平也有所不同。先前对人脑不同区域甲基化差异的研究中所取的样本数量有限或只关注了一到两个脑区。利用 GTEx 样本，研究人员检测了 8 个大脑区域以及 12 至 23 个捐赠者的肺和甲状腺组织纯化神经元核中的 DNA 甲基化水平。作者共检测到大脑神经元核之间 181146 个 CpG 和 264868 个非 CpG 甲基化区域。此外，作者对基底神经结节组织的神经元核之间的差异甲基化分析识别到特异性的 CpG 甲基化区域，大多与离子转运相关。作者还确定了 81130 个多变 CpG 甲基化区域，这些区域在调节区域和 CpG 差异甲基化区域中显著富集。许多多变的甲基化区域是特定大脑区域所独有的，大脑所有区域以及肺和甲状腺只有 202 个常见区域。杏仁核、前丘陵皮层和海马中发现的多变甲基化区域因精神分裂症的遗传性而被进一步富集。这些数据表明，这些特定人脑区域的表观遗传变异可能与神经精神疾病的风险有关。

标题：具有原始神经元组分的胶质母细胞瘤有明显的甲基化和 TP53、PTEN 和 RB1 基因变异

时间：2021/04/19

单位：海德堡大学附属医院

期刊：Acta Neuropathol（IF 14.251）

平台：450K、850K  

摘要：IDH 野生型胶质母细胞瘤是一类常见的恶性脑肿瘤，一些特异性的组织特征可作为临床分类依据。然而，这些组织学特征的分子特征还未得到揭示。研究人员对包括肉瘤和脑肿瘤共 75000 个肿瘤样本进行甲基化数据分析发现有 63 个肿瘤样本组成的独立的甲基化亚组，这个亚组接近于 IDH 野生型的胶质母细胞瘤。对包括 63 个胶质母细胞瘤和已知的 311 个脑肿瘤样本进行分析，发现该亚组具有独特性，该亚组的肿瘤生长部位多位于颞叶，且发病人群多为老年人，55.7% 的患者的 MGMT 启动子发生甲基化。该研究通过对胶质母细胞瘤分子和临床预后进行分析提出了一种新的胶质母细胞瘤分子类型，它与 IDH 野生型胶质母细胞瘤的组织学模式具有一定相关性。肿瘤表现为高度未分化的形态，常有软脑膜播散，GFAP 表达缺失、Ki67 增殖指数高、p53 和 TTF1 阳性的低分化表型，常导致组织学分类认为癌转移或原始神经外胚层肿瘤。临床预后非常差，与其他 IDH 野生型的胶质母细胞瘤一致。暂时将其命名为具有原始神经元成分的胶质母细胞瘤。

标题：人类和小鼠的衰老和癌症表观遗传特征

时间：2021/04/19

单位：西班牙奥维尔多大学

期刊：Mol Biol Evol（IF 11.062）

平台：RRBS  

摘要：衰老和癌症是两个相互关联的过程，衰老是癌症发展的主要危险因素。有许多文章使用的小鼠模型表明衰老和癌症 DNA 甲基化存在一定差异，但缺乏系统地比较疾病背景下的人类和小鼠表观遗传模式。这种比较能够确定某些观察到的相似性或差异表观遗传特征和物种特异性的关联程度。这项研究中，研究人员使用 RRBS 揭示来自人类和小鼠的年轻和年老、肿瘤和非肿瘤大脑样本的大脑表观特征。作者首先分析了该物种的基线表观基因组模式，对与癌症和衰老相关的 DNA 甲基化变化以及物种间 DNA 甲基化水平差异分别做出比较。在全球范围内，研究人员发现两种物种的 DNA 甲基化变化特征与衰老特征存在显著差异。此外，作者提出了人类和小鼠特定癌症和老化表观基因组特征的有力证据。这项研究在基因组背景下揭示了疾病和物种特异性的表观遗传特征。

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