Duang~Duang~Duang~ DNA 甲基化新鲜速递来啦！
今天小编为大家呈上 2021 年 03 月的 DNA 甲基化研究成果，一起来看一下吧！
截止今日，03 月以 DNA methylation 为关键词检索到的文献一共有 607 篇，小编挑出以下 5 篇作为重点分享内容。这 5 篇文章主要面对临床疾病与癌症方向，包括多组学 DNA 甲基化图谱的揭示、疾病的甲基化分型与标志物等研究方向。小编在文末附表中也列出更多 DNA 甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取 03 月新的 DNA 甲基化研究成果和动态，平均 IF>10。
文章展示
标题：人脑中 DNA 甲基化的性别差异和相关的调节网络与精神病性偏见风险有关
时间：2021/03
单位：中南大学
期刊：Mol Psychiatry（IF 12.384）
平台：450K、RNA-seq
摘要：许多精神疾病具有明显的性别差异，但是其潜在机制尚不完全清楚。DNA 甲基化在调节基因表达中起着重要作用，影响人脑的性别差异。以前大多数研究中只关注 DNA 甲基化，而没有考虑调节网络对精神病性偏见的贡献。DNA 甲基化将遗传和环境因素与高级大脑功能联系起来，从而在复杂的调控网络中起重要作用，本片文章中研究人员主要研究了不同 DNA 甲基化相关的调控网络，并评估它们对精神疾病风险的贡献。研究人员收集了来自 3 个队列的 1408 个人死后的脑组织样本，以识别性别差异甲基化位置（DMP）和区域（DMR），确得到了数千个 DMP 和 DMR，其中 DMR 主要富集在神经元相关途径。随后，研究人员通过整合甲基化定量特征位点（meQTLs），基因表达和蛋白质 - 蛋白质相互作用数据，对性别差异性甲基化和精神病相关的调控网络进行进一步的补充。结果观察到精神疾病相关基因组中大量富集性相关基因。接着，研究人员们将 2080 个带有性别偏见和与精神疾病相关的基因，如 NRXN1、NRXN2、NRXN3、FDE4A 和 SHANK2 进行了优先排序。结果发现，突触相关通路和信号通路被显著富集，表明这些神经元通路的性别差异基因可能是导致精神疾病的性别偏倚的原因。
标题：利用 DNA 甲基化可预测蝙蝠的年龄
时间：2021/03/12
单位：马里兰大学
期刊：Nat Commun（IF 12.121）
平台：Horvath Mammal Methyl Chip40
摘要：包括许多蝙蝠在内的超长寿命物种很少显示出明显的衰老迹象，因此很难确定物种寿命为何不同。在这里，研究人员利用 712 个已知年龄的蝙蝠的 DNA 甲基化（DNAm）谱，代表 26 个物种，来识别与年龄和寿命相关的表观遗传变化。我们证明 DNAm 准确预测实际年龄。跨物种，寿命与年龄相关位点的 DNAm 变化速率呈负相关。此外，对几种蝙蝠基因组的分析表明，年龄和寿命相关的高甲基化位点不成比例地位于关键转录因子（TF) 的启动子区域，并富集与转录调控相关的组蛋白和染色质特征。预测的 TF 结合位点分析表明，与年龄相关的甲基化变化受发育过程的影响，而与长寿相关的 DNAm 变化与先天免疫或肿瘤发生基因有关，这表明蝙蝠长寿是免疫反应增强和癌症抑制的结果。
标题：肿瘤 DNA 甲基化与肉瘤患者抗 PD- 1 免疫检查点抑制剂单一疗法的反应有关
时间：2021/03
单位：北京协和医院
期刊：J Immunother Cancer（IF 10.252）
平台：850K
背景：部分肉瘤对免疫检查点抑制有反应，但尚无生物标志物预测。作者分析了肿瘤 DNA 甲基化与免疫反应和抗 PD- 1 免疫检查点抑制剂（ICI）治疗在肉瘤患者中的作用。统计学分析发现，抗 PD-1 ICI 疗法与 DNA 甲基化特征和免疫数据相关。结果确定了 2453 个不同甲基化 CpG 位点（DMPs：2043 个降低和 410 个增加）。基于这些 DMP 的肉瘤样本聚类得到两个亚群：甲基化集群 1（MC1）由 73% 的响应者组成，甲基化集群 2（MC2）仅包含反 PD-1 ICI 的非响应者。MC1 和 MC2 患者抗 PD-1 治疗开始后的生存中位数分别为 16.5 个月和 1.9 个月（p=0.001）。这些患者的整体存活率中位数分别为 34.4 个月和 8.0 个月（p=0.029）。显著的 DNA 甲基化差异主要富集在 Rap1 信号、黏着斑、PI3K- ECM- 受体通路中。该项研究表明，肿瘤 DNA 甲基化特征可以作为肉瘤中抗 PD-1 ICI 治疗反应的检测标志物。
标题：儿童过敏中的 DNA 甲基化特征——MeDALL 研究
时间：2021/03
单位：格罗宁根大学
期刊：J Allergy Clin Immunol（IF 10.228）
平台：450K
摘要：过敏相关的差异 DNA 甲基化位点可能为哮喘、鼻炎和湿疹等病因提供新的见解。研究人员在 MeDALL 队列中，对全血 DNA 甲基化进行了全表观基因组关联研究。过敏被定义为有至少 1 项过敏性疾病（哮喘，鼻炎，或湿疹）症状且血清 IgE 阳性。该研究涵盖来自 3 个出生队列的人群，分别为 219 例患者和 417 例对照组，228 例患者和 593 例对照组，以及 325 例患者和 1111 例对照组。此外，研究人员对来自 8 个队列的 785 例过敏症状患者和 2124 例对照组的 21 个甲基化位点进行了验证。结果鉴定出 80 个差异甲基化 CpG 位点，在发现阶段具有 1% 到 3% 的甲基化差异，在 meta 分析后，其中 21 个（包括 5 个新的 CpG 位点）具有全基因组显著性。这 21 个 CpG 位点主要位于 ACOT7、LMAN3 和 CLDN23 基因上，其甲基化程度在哮喘、鼻炎和湿疹等过敏症状中也存在显著差异。这项研究表明，全血中的这 21 个 CpG 位点的 DNA 甲基化程度降低与儿童过敏显著相关。为哮喘、鼻炎和湿疹的等过敏症状的共同分子机制提供了新的见解。
标题：全基因组 DNA 甲基化的分析可识别神经退行性疾病的关联
时间：2021/03/26
单位：昆士兰大学
期刊：Genome Biol（IF 10.806）
平台：450K、850K
摘要：神经退行性疾病患者会表现出不同的临床综合征、遗传异质性和明显的脑病理变化，但有研究表明这些症状之间存在重叠。DNA 甲基化（DNAm）是由遗传变异和环境的综合影响决定的，为探索这种重叠和异质性提供了一种的方向。这项研究目的是识别对照组与阿尔茨海默病、肌萎缩性侧索硬化症和帕金森病患者之间的血液 DNAm 差异。研究人员通过使用混合线性模型方法（MOMENT），测试每个 DNA 甲基化位点分别与每种疾病的关联。虽然在肌萎缩性侧索硬化症和帕金森氏病的每一时刻关联分析中，只有三个探针被发现具有全基因组显著性（与阿尔茨海默病无关），但 meta 分析发现了 12 个全基因组显著差异甲基化位点。在所有神经退行性疾病中，预测的免疫细胞类型比例失衡。在一个健康的老年队列中，蛋白质炎症标志物与来自疾病相关免疫细胞类型比例的轮廓总分相关。这项研究中，研究人员确定了全血中神经退行性疾病之间的不同甲基化位点，为这些疾病的共同致病机制指明方向。总的来说，这些共同的差异甲基化位点可能会反映疾病的发病机制，但它们不能解释细胞类型比例的差异。
文章列表
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备注：2021 年 03 月甲基化文献！
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