转眼 7 月已经过去，小编在这里为大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究为主题的研究成果，截止现在，7 月以 DNA methylation 为关键词检索到的文献一共有 723 篇，小编在这里为大家精心挑选了以下 7 篇作为重点分享，包括胚胎发育、癌症、疾病、甲基化标志物以及多组学联合分析的研究等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取 7 月的 DNA 甲基化研究成果和动态，平均 IF>8。
标题：Spatiotemporal DNA methylome dynamics of the developing mouse fetus
发育中的小鼠胎儿的 DNA 甲基体的时空动力学
时间：2020/7/29
期刊：Nature 42.778
平台：WGBS、ATAC-seq、CHIP-seq
摘要：
胞嘧啶甲基化对哺乳动物的发育至关重要，但对其在发育胚胎中的时空分布的了解仍然有限。我们从 12 个小鼠组织或器官中分析了 168 个甲基体，它们分别处于从胚胎发生到成年的 9 个发育阶段。通过比较不同发育阶段不同组织或器官的甲基体，我们鉴定出 1,808,810 个差异甲基化区域。这些 DNA 元件主要在胎儿发育过程中失去 CpG 甲基化，而这种趋势在出生后会逆转。在胎儿发育的后期，非 CpG 甲基化主要发生在发育相关的关键转录因子中，并与它们的转录抑制效应一致。全基因组 DNA 甲基化、组蛋白修饰和染色质获得性数据的整合使我们预测到 461141 个假定的与发育组织相关的特异性增强子。这些时空表观基因组图为研究组织或器官发育中的基因调控提供资源，并为研究与人类发育障碍有关的调控元件提供起点。
标题：The DNA methylation landscape of advanced prostate cancer
转移性前列腺癌的 DNA 甲基化趋势研究
时间：2020/7/13
期刊：Nat Genet 27.603
平台：WGBS、RNA-seq、WGS
摘要：
DNA 甲基化是基因表达的关键调节方式，但是关于转移性癌症的全面甲基化状态还未被揭示。通过对 100 例转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）的全基因组亚硫酸氢盐测序与深度全基因组和转录组测序联合分析，我们发现了一些只能通过整合全基因组才能检测到的一些变化的驱动基因。值得注意的是，观察到 22% 的肿瘤表现出一种新的表观遗传亚型，这种亚型与 TET2、DNMT3B、IDH1 和 BRAF 基因中的高甲基化状态和体细胞突变有关。此外，还鉴定到三个致癌驱动基因 AR、MYC 和 ERG 的甲基化与其 RNA 表达相关的基因间调控区域。发现体细胞突变和假定的调控区域经常位于差异性低甲基化的区域。本研究是对转移性癌症中全基因组、全甲基组和全转录组测序的多组学研究，全面概述了甲基化在 mCRPC 中的重要调控作用。
标题：Bacteria pathogens drive host colonic epithelial cell promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in colorectal
结直肠癌中病原菌驱动宿主结肠上皮细胞抑癌基因的启动子高度甲基化
时间：2020/7/16
期刊：Microbiome 11.607
平台：MBD Cap-Seq、16S rRNA-seq
摘要：
微生物组组成的改变和抑癌基因启动子的异常超甲基化是结直肠癌中的两个重要标志。在这里，我们对 33 个活检组织（5 个正常结肠粘膜组织，4 对腺瘤和腺瘤相邻组织以及 10 对 CRC 和 CRC 相邻组织）中同时进行了 16S rRNA 基因测序和甲基化捕获测序（MBD Cap-Seq）。通过确定肿瘤抑制基因（TSG）启动子超甲基化与 CRC 相关细菌之间的显着关联，然后对甲基化相关细菌进行功能验证。结果确定了 H.hathewayi 和 Streptococcus spp 是调节甲基化程度的两种细菌。对 TSG 的靶向分析显示，H.hathewayi 和 Streptococcus spp 两种细菌分别与 CDX2 和 MLH1 启动子高度甲基化显著相关。用细胞系和动物模型进行的机制验证实验表明，F. nucleatum 和 H. hathewayi 上调了 DNA 甲基转移酶的表达。接种 H.hathewayi 可促进无菌小鼠和常规小鼠结肠上皮细胞增殖。实验揭示了宿主细胞中 F. nucleatum 和 H. hathewayi 通过诱导 DNA 甲基转移酶调控 TSG 的表观遗传调控方式。
标题：Identification and validation of novel DNA methylation markers for early diagnosis of lung adenocarcinoma
肺腺癌早期诊断的新型 DNA 甲基化标记物的鉴定和验证
时间：2020/7/20
期刊：Mol Oncol 6.574
平台：450K 芯片、RNA-seq
摘要：
肺癌是全球死亡率高的癌症。表观遗传学改变已成为早期诊断各种癌症组织类型的潜在生物标记。为了识别甲基化标记物以用于肺腺癌的早期诊断，作者旨在整合来自 TCGA 的全基因组 DNA 甲基化和基因表达数据。为此，首先检查了肺腺癌的整体 DNA 甲基化模式，并研究了 DNA 甲基化亚型与临床特征之间的关系。然后提取差异甲基化和表达基因，并采用特征选择技术来确定的甲基化标记。在来自 Gene Expression Omnibus 的三个独立数据集上评估了标志物在预测肺腺癌中的性能。通过免疫组织化学验证标记基因的蛋白质水平，并在体内进一步验证其生物学功能。在肺腺癌中鉴定了三个新的甲基化标志物，包括 cg08032924，cg14823851 和 cg19161124，分别映射到 CMTM2，TBX4 和 DPP6。在三个独立的数据集上对这些结果进行验证表明，这三种标记物在区分肺腺癌和正常样品方面可以达到极高的敏感性和特异性。免疫组织化学定量结果证实，标记物在人肺腺癌中弱表达，并且 CMTM2 减缓了 Lewis 肺癌小鼠体内的肿瘤生长。总体而言，研究确定了肺腺癌中的三种新型甲基化标记物，它们可能有助于改善诊断，并可能为肺腺癌患者带来更好的预后效果。
标题：Functional Genomics of the Pediatric Obese Asthma Phenotype Reveal Enrichment of Rho-GTPase Pathways
功能基因组学研究显示 Rho-GTPase 通路在儿童肥胖哮喘病中富集
时间：2020/7/15
期刊：Am J Respir Crit Care Med 17.452
平台：HELP-seq、RNA-seq、MEGA 芯片
摘要：
肥胖性哮喘与肺功能缺陷的非特应性辅助性 T 细胞 1（Th1）型炎症相关，对少数民族儿童影响很大，但其潜在的机制尚不清楚。作者通过对美国西班牙裔和非裔的 59 例肥胖哮喘患儿和 61 例正常体重哮喘患儿的 CD4+Th 细胞进行转录组、DNA 甲基化以及基因分型的量化分析，eQTLs 和 meQTLs 揭示了遗传变异对转录和 DNA 甲基化的贡献。调整 Th 细胞亚型比例后，发现转录或甲基化差异是由与肥胖性哮喘独立相关的基因座的亚型比例差异所驱动的，且肥胖哮喘患者比正常体重的哮喘患者有更多的记忆细胞和较少的幼稚 Th 细胞。与 Th 细胞亚型比例无关的肥胖哮喘患者的差异表达基因和甲基化基因以及 meQTLs 在 RHo-GTPase 途径中富集。差异表达基因和甲基化基因，包括 RPS27L 与肥胖哮喘患者肺功能缺陷相关。发现肥胖性哮喘 Th 细胞中存在 RHo-GTPase 通路的富集，并将其确定为肥胖相关哮喘的新治疗靶点。
标题：The inherited methylome landscape is directly altered with paternal aging and associated with offspring neurodevelopmental disorders
男性生育年龄的增长会通过改变精子的甲基化状态影响后代神经发育
时间：2020/7/1
期刊：Aging Cell 7.238
平台：RRBS、WGBS、焦磷酸测序
摘要：
男性生育年龄和其子女神经发育障碍患病率具有很强的关联性。然而，其潜在的遗传机制和遗传模式未知。男性生育年龄的增长会累积患病风险，导致疾病易感性，并在后代中观察到表型。表观遗传调控为疾病易感性的非基因父系遗传提供了一个合理的解释。随着 WGBS 的使用，本文所描述的数据证实了随着男性年龄的增长，精子的 DNA 甲基化表达谱越来越不稳定，并且初次证明了精子和胚泡中甲基化改变与男性生育年龄具有代际效应。甲基化改变并不是随机分布在整个基因组中，而是在特定的染色体位置聚集，并且共定位于核小体保守区域。随着男性生育年龄的增加，其精子和胚胎中与自闭症谱系障碍、精神分裂症和双相情感障碍相关的基因显著富集，并伴有致残性地甲基化异常。这项工作阐述了男性生育年龄和后代神经发育障碍之间的潜在机制联系，从而为更好地理解其原因，并为将来的治疗提供方向。
标题：Exposure to gestational diabetes enriches immune related pathways in the transcriptome and methylome of human amniocytes
妊娠期糖尿病人羊膜细胞的转录组和甲基组联合分析发现在免疫相关通路富集
时间：2020/7/20
期刊：J Clin Endocrinol Metab 5.399
平台：RRBS、Hi-C、RNA-seq
摘要：
妊娠期糖尿病（GDM) 对宫内代谢环境有深远影响，并与后代的肥胖和糖尿病有关，但驱动这些影响的机制仍不清楚。子宫内暴露于 GDM 的羊膜细胞中 DNA 甲基化和基因表达的改变是导致生命后期代谢功能障碍的潜在机制。采用巢式病例对照研究（n=14 对），对匹配后代性别、母亲种族 / 族裔、母亲年龄、羊膜穿刺术时胎龄和出生时胎龄的羊膜细胞进行研究。完成性别特异性全基因组 DNA 甲基化分析和 RNA-seq 分析，鉴别差异甲基化区（DMRs) 和基因表达变化。独创性途径分析识别了 GDM 暴露后富集的生物学相关途径。在 Hi- C 分析中确定了潜在的染色质与 DMRs 的相互作用。GDM 羊膜细胞中干扰素刺激基因表达增加，占前 10 个改变基因中的 6 个（q<0.05)。GDM 羊膜细胞中丰富的生 物通路包括炎症、干扰素反应、脂肪肝、单基因糖尿病和动脉粥样硬化等途径。在暴露于 GDM 的男性羊膜细胞中发现 42 例 DMR，在女性羊膜细胞中发现 20 例 DMR (q<0.05)。Hi- C 分析发现，在男性羊膜细胞中，DMRs 与 11 个表达显著改变的基因相互作用，在女性羊膜细胞中，DMRs 与 9 个表达显著改变的基因相互作用（p<0.05)。在子宫内暴露于 GDM 的人羊膜细胞的独特存储库中，转录组分析发现了炎症和干扰素相关通路的富集，以及具有潜在远端调节功能的新型 DMRs。
上述分享的文献中，大多都涉及到甲基化的多组学研究，但是使用的组学略有不同，这也证明多组学的研究是非常灵活的。其中，发表于 Nature genetics 的一篇关于转移性前列腺癌的研究，通过对 100 例转移性前列腺癌组织的 WGS、WGBS、RNA-seq 联合分析发现了一种新的表观遗传亚型。南开大学发表的一篇肺腺癌甲基化标志物的研究，利用 450K 芯片对 415 个肺腺癌组织和 31 个正常组织进行测序，结合转录组数据发现了 3 个肺腺癌新型甲基化标志物，这是一种经典的关于甲基化标志物的研究思路。
文末列出了小编整理出的完整文献列表，如果您对其中一些文献更感兴趣，就请联系我们，获得完整的文献列表吧。
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