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转录因子分析及网络构建

Demo 结果

图中节点的大小表示的是基因的 degree

Demo 结果解读

上图中节点的大小表示的是基因的 degree,颜色代表上下调的信息,边的颜色或者线型代表是相互作用的来源。

转录因子分析及网络构建介绍

转录因子与基因表达调控区域的特异性结合是基因表达的重要调控方式。针对特定转录因子的实验,可对差异基因进行转录因子结合位点的 motif 分析,从而推测差异基因中有哪些基因可能直接受该转录因子调节。后结果会用统计学方法进行检验,找到调控目标生物性状,统计学上有显著差别的转录因子。找到差异的转录因子及其调控的靶基因,我们可以构建 TF-network,从中得出关键的转录因子及被关键转录因子转录调控的基因,系统的研究转录因子与基因的调控关系。

分析要求

客户关注的 mRNA,lncRNA,microRNA(如差异基因)。

提供结果

图片文件(Network 图),包括 png,PDF 格式;

Cytocape 文件:可以 cytoscape 打开进行细节调整;

文本文件:转录因子与基因之间的调控关系,结合 score 值,Evalue,以及关键转录因子的排序。

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