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GSEA 分析

Demo 结果

QQ 截图 20191206140444

Demo 结果解读

通图显示的是 GSEA 分析基因集后得到的 GO 的 ES 值。图上部的曲线表示动态 ES 值,最高点表示此 GO 的 ES 值。ES 越显著,表示对基因集的影响越大。

基于 mRNA 表达的 GSEA 分析介绍

利用不同类型数据库(功能,通路等)的基因集,将基因集中的基因按照在实验组与对照组样本中的差异表达赋予不同的权重,然后检验设定的基因集的基因表达变化对某一个基因集(功能或通路等)的影响是否具有显著性意义。

分析要求

两分组 mRNA 表达数据(差异基因或者关注基因)。

提供结果

图片文件(基因集富集),包括 png 格式;

文本文件:每个基因集的 ES,NES,pvalue,FDR(Excel,html 格式)。

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