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Nature 发布最大乳腺细胞图谱 | 一次讲透空间转录组学应用与案例分析
发布时间:2023-05-05 浏览次数:4201
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今年 6 月,美国 MD 安德森癌症中心在 Nature 发文 [1],研究者利用单细胞空间组技术对 126 名妇女,超过 714,000 个细胞进行了分析。构建了目前为止最大且最全面的人类乳腺细胞图谱(Human Breast Cell Atlas,HBCA),该图谱突出了 12 种主要细胞类型和 58 种生物细胞状态,为研究乳腺生物学和乳腺癌等疾病提供了参考。

去年,BioRxiv 发文 [2],研究人员对乳腺癌 FFPE 样本进行连续切片,使用单细胞基因表达(Chromium Flex,scFFPE-seq)、空间转录组(Visium CytAssist)和原位杂交技术(Xenium In Situ)进行检测,利用三种技术协同解析了乳腺癌肿瘤微环境,揭示了细胞异质性,促进了对导管原位癌(DCIS)肿瘤浸润的全面研究。

空间组学技术能够解析转录本在组织的不同空间位置的表达特征。而 Xenium 亚细胞空间原位分析技术,极大地提高了空间上的分辨率,在组织异质性、免疫微环境等领域应用前景广阔。但仍有很多同学老师还会有各种疑惑: 空间转录组及空间原位分析技术的原理是什么?有哪些具体应用案例?如何从案例中提取相关知识与自己的实验研究方案相结合?

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主题一:空间转录组技术全流程解析

1. 空间转录组技术原理介绍

2. 空间转录组技术实验技巧与要点

3. 经典案例 - 看空间组学如何实现单细胞多维度分析

主题二:亚细胞空间原位分析技术:原理、应用与案例解析

1.Xenium 原位分析原理及应用特点

2.Xenium 技术与空间转录组 Visium 技术如何选

3. 基于 Xenium 技术方案的经典案例解析

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参考文献

[1]. Kumar, Tapsi et al.“A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breast.”Nature vol. 620,7972 (2023): 181-191.

[2]. High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue.https://doi.org/10.1101/2022.10.06.510405