伯豪学院

【标题】谱系分析揭示内胚层对脊椎动物垂体发育的贡献

【平台】10X，

【期刊】Science（IF=41）

【时间】2020-10-22

【摘要】脊椎动物的感觉器官来自称为 placodes 的上皮增厚。与神经嵴细胞一起，颅底 placodes 被认为是促使脊椎动物头部进化的外胚层新现象。前面的 placodes 产生垂体的内分泌叶 [腺垂体（ADH）]，它是控制生长，代谢和繁殖的主腺。除了已知的外胚层贡献，研究者在斑马鱼中使用谱系追踪和延时成像来确定内胚层对 ADH 的贡献。成年垂体的单细胞 RNA 测序显示内胚层和外胚层上皮具有相似的能力，可以产生所有内分泌细胞类型。此外，在几乎没有外胚层作用的情况下，内胚层可以产生基本的 ADH 样结构。鱼的情况支持脊椎动物的垂体通过祖先的内胚层原始垂体与新进化的扁平外胚层的相互作用而产生。

【标题】通过共享的单细胞 RNA 和染色质谱检测染色质潜力

【平台】10X

【期刊】Cell（IF=36.2）

【时间】2020-10-24

【摘要】细胞分化和功能收到多层次的基因调控，包括通过染色质可及性的改变来调控基因表达。然而，分化是一个不同步的过程，从而对导致细胞命运方向的调控事件的理解变得困难。本文中，研究者建立了一种能够在单细胞中同时高通量的检测基因表达和染色质可及性的方法 SHARE-seq，他适用于不同的组织。研究者使用小鼠皮肤的 34774 个节理剖面，开发了一种计算方法，用于鉴定顺式 - 调控相互作用，且将与超级增强子显着重叠的区域定义为调控染色质域（DORC)。从发育上看，DORC 处的染色质可及性早于基因表达，这表明染色质可及性的变化可能会引发细胞发育方向。研究者通过计算推断出染色质的潜力，将其作为染色质 lineage-priming 的定量测量并用于预测细胞命运。SHARE-seq 是一个可研究组织中不同细胞之间的调节回路的扩展性平台。

【标题】RNA 时间戳识别测序中的 RNA 年龄

【平台】10X

【期刊】Nat Biotechnol（IF=31.86）

【时间】2020-10-19

【摘要】目前的单细胞 RNA 测序的方法只能提供有限的信息的动态基因表达。本文中，研究者提供了 RNA 时间戳，一种利用 RNA 编辑推断 RNA seq 数据中单个 RNA 年龄的方法。通过引入时间戳，研究者用一个报告 motif 对 RNA 进行标记，该报告 motif 由多个 MS2 结合位点组成，该结合位点招募集与 MS2 衣壳蛋白上的腺苷脱氨酶 ADAR2。ADAR2 与标记的 RNA 结合会导致 A -to- I 编辑随着时间积累，从而可以小时刻度精度推断出 RNA 的年龄。通过结合同一启动子驱动下多个带有时间戳 RNA 的观察，研究者可以确定启动子何时激活。他们证明该系统可以推断多个过去的转录事件的存在和时间。研究者根据过去的转录活性的时间，将该方法用于单个细胞的聚类。RNA 时间戳将允许将时间信息合并到 RNA-seq 工作流程中。

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