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转眼 9 月已经过去，小编在这里为大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究为主题的新研究成果，截止现在，9 月以 DNA methylation 为关键词检索到的文献一共有 603 篇，小编在这里为大家精心挑选了以下 6 篇作为重点分享，主要通过 850K 和 WGBS 研究二型糖尿病、神经胶质瘤、神经节旁瘤、亨廷顿舞蹈症、上皮星形细胞瘤、吸烟对机体 DNA 甲基化修饰的影响等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取 9 月新的 DNA 甲基化研究成果和动态，平均 IF>10。
标题：Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-naïve patients with type 2 diabetes
未接受过药物治疗的 2 型糖尿病患者中与二甲双胍反应和不耐受相关的表观遗传标记
时间：2020/9/16
单位：瑞典斯坎尼亚大学
期刊：Sci Transl Med 16.304
平台：850K
摘要：
二甲双胍是用于治疗 2 型糖尿病（T2D）的一种药物疗法。但是，许多 T2D 患者对二甲双胍的反应或耐受性都不佳。当前，没有能够成功预测对二甲双胍的血糖反应或耐受性的表型。作者通过分析未确诊的 T2D 患者在诊断时的全基因组 DNA 甲基化，探索基于血液的表观遗传标记是否可以区分二甲双胍反应和耐受性。在测试人群中，血糖反应者 / 无反应者和二甲双胍耐受 / 不耐受的患者分别有 11 和 4 个位点的 DNA 甲基化不同。这些位点的甲基化程度较高，对二甲双胍无反应或不耐受的风险较高，且甲基化程度的比值比在 1.43 至 3.09 之间。血糖反应者和无反应者的 11 个已鉴定位点的甲基化风险评分（MRS）有所不同，曲线下面积（AUC）为 0.80 至 0.98。二甲双胍不耐受相关的 4 个位点的 MRS 产生的 AUC 为 0.85 至 0.93。这些基于血液的甲基化标记中反映了部分脂肪组织（糖尿病发病机理中的关键组织）的表观遗传模式，并且这些甲基化标记被注释为具有改变二甲双胍相关表型的肝细胞生物学功能的基因。总体而言，作者通过在未经药物治疗的 T2D 患者中检测血源性表观遗传标记，从而在诊断时区分血糖反应者 / 非反应者和受试者对二甲双胍耐受 / 不耐受。可以进一步开发这种基于表观遗传学的工具，以帮助患有 T2D 的患者接受治疗。
标题：Germline-driven replication repair-deficient high-grade gliomas exhibit unique hypomethylation patterns
生殖细胞驱动的复制修复缺陷型高级神经胶质瘤表现出独特的低甲基化模式
时间：2020/9/8
单位：基督城医院
期刊：Acta Neuropathol 14.254
平台：450K 芯片、850K 芯片
摘要：
尽管高级神经胶质瘤（HGG）呈现出与致癌突变相对应的 DNA 甲基化的特定模式，但在复制修复缺陷型肿瘤中尚未对此进行深入研究。作者利用 450 k 或 850 k 分析了复制修复缺陷（RRD）背景下的 51 个 HGG，并将这些与 HRG 进行比较。在神经胶质瘤基因（如 IDH1 和 H3F3A）中具有次级突变的 RRD HGG 显示出与这些甲基化亚型相对应的甲基化模式。对两个比较集 HGG 队列的独立分析显示，其他 RRD / 超突变肿瘤聚集在这些亚组中，这些结果表明未诊断的 RRD 可能正在此位置驱动某些 HGG 聚集。与其他癌症中描述的 CpG 岛甲基化表型相反，RRD HGG 显示出独特的 CpG 岛甲基化表型。次级甲基化富集结果位于基因启动子区域，在对细胞存活至关重要的基因和途径（包括细胞周期，基因表达，细胞代谢和组织）中具有显着的去甲基化作用。这些数据表明，甲基化阵列可为 RRD HGG 的检测提供诊断信息。
标题：The immunohistochemical, DNA methylation, and chromosomal copy number profile of cauda equina paraganglioma is distinct from extra-spinal paraganglioma
神经节旁瘤的免疫组织化学，DNA 甲基化和染色体拷贝数特征与脊柱外神经节瘤不同
时间：2020/9/6
单位：加利福尼亚大学旧金山分校
期刊：Acta Neuropathol 14.254
平台：850K 芯片
摘要：
神经节旁瘤是自主神经系统的神经内分泌肿瘤，其临床功能各不相同，并且具有转移的潜力。遗传综合征的发生率高达 40%， 常见的原因是琥珀酸脱氢酶（SDHx）基因的种系突变。在免疫组织化学上，副神经节瘤的特征是 GATA3 阳性和细胞角蛋白阴性，在大多数遗传病例中 SDHB 表达丧失。相比之下，马尾区（CEP）或 FI 末端区域中罕见的神经节旁瘤已被证明是激素沉默的，临床上具有惰性，且具有可变的角蛋白表达，表明这些肿瘤可能代表了单独的病理实体。作者对 11 位男性和 6 位女性患者的 17 个 CEP 进行了回顾性评估，中位年龄为 38 岁（范围 21-82），没有神经内分泌瘤的家族史。17 种肿瘤中有 6 种表现出明显的神经节细胞或神经节神经瘤分化。通过免疫组织化学，没有一个 CEPs 显示出 GATA3 阳性或 SDHB 染色消失。所有 17 个 CEP 均为细胞角蛋白阳性。对 12 个肿瘤进行了全基因组 DNA 甲基化分析，并与可公开获得的全基因组 DNA 甲基化数据进行了比较。聚类分析表明，CEPs 形成了一个独特的表观遗传组，与脊柱外部位的神经节旁瘤，嗜铬细胞瘤和其他神经内分泌肿瘤分开。拷贝数分析显示大多数 CEP 中存在二倍体基因组，而椎旁神经节瘤大多为非整倍体。这些发现表明，CEP 可能代表一个独特的实体，但需要进一步的基因组研究来进一步阐明这些肿瘤的分子发病机理。
标题：DNA methylation study of Huntington's disease and motor progression in patients and in animal models
患者和动物模型中亨廷顿舞蹈病和运动进展的 DNA 甲基化研究
时间：2020/9/10
单位：加利福尼亚大学洛杉矶分校
期刊：Nat Commun 12.121
平台：850K 芯片、RRBS
摘要：
虽然亨廷顿舞蹈病（HD）在孟德尔遗传病中已经研究的很深入，但其相关的表观遗传学的改变还不清楚。这篇文章中，作者研究了来自小鼠亨廷顿（Htt）基因敲入模型、转基因 HTT 绵羊模型和人，这 3 个物种中 6 个不同组织中的 DNA 甲基化水平。作者对人类血液的表观基因组范围的关联研究（EWAS）显示，HD 突变状态与 33 个 CpG 位点显着相关（p <10 -7），其中包括 HTT 基因（p = 6.5×10 -26）。在 Q175 Htt 敲入小鼠模型中 Htt / HTT 关联性为 p = 6.0×10-8，转基因绵羊模型中关联性为 p = 2.4×10 -88。作者基于多种临床数据提供了一种在多个显现 HD 病例中评价 HD 不同阶段的方法。在显现 HD 的病例中，EWAS 结果显示 HD 病例与邻近 PEX14（p = 9.3×10 -9），GRIK4（p = 3.0×10 -8）和 COX4I2（p = 6.5×10 -8）三个位点的甲基化水平表现出显着的关联（p <10 -7）。这些结果表明，在三种哺乳动物中都存在 HD 能够显著改变 DNA 甲基化水平。
标题：A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes
全血 EWAS 的细胞类型反褶积荟萃分析揭示了谱系特异性吸烟相关的 DNA 甲基化变化
时间：2020/9/22
单位：中国科学院上海营养与健康研究所
期刊：Nat Commun 12.121
平台：850K、GEO 数据库
摘要：
许多表观基因组广泛关联研究（EWAS）报道了全血中与吸烟相关的 DNA 甲基化高度可复制。这些表观遗传学改变可能对理解和预测吸烟相关疾病的风险具有重要意义。为此，重要的是确定这些 DNA 甲基化变化是否在所有血细胞亚型中发生或它们是否是细胞类型特异性的。在这里，作者应用细胞类型反卷积算法来识别七个大型 EWAS 中的细胞类型特异性 DNA 甲基化信号。作者发现，大多数高度可复制的与吸烟相关的低甲基化信号在髓系中更为突出。荟萃分析进一步确定了与髓样特异性吸烟相关的甲基化特征，该特征在急性髓样白血病中富含 DNase 敏感位点。
标题：Pilocytic astrocytoma demethylation and transcriptional landscapes link bZIP transcription factors to immune response
毛细胞星形细胞瘤脱甲基和转录环境将 bZIP 转录因子与免疫反应联系起来
时间：2020/9/29
单位：德国海德堡癌症研究中心
期刊：Neuro Oncol 10.247
平台：WGBS
摘要：
上皮星形细胞瘤（PA）是常见的小儿脑肿瘤。尽管对基因组和转录组的情况进行了充分的研究，但缺乏完整的甲基化组，肿瘤细胞组成和免疫浸润的数据。作者检测了 9 个 PA 和 16 个对照样品的全基因组亚硫酸氢盐序列（WGBS）数据，并整合了 154 个 PA 和 57 个对照甲基化阵列数据。使用 49 个 PA 和 11 个对照样品的 RNA 序列数据以及 248 个 PA 和 28 个对照的基因表达阵列来评估转录活性。部分甲基化结构域的 DNA 甲基化模式表明，在肿瘤发生过程中，甲基化组具有很高的稳定性。使用甲基化芯片数据比较了肿瘤和下，上鞘膜上位置的对照组织，发现了位点特异性的模式。WGBS 数据的分析显示，与对照组织相比，PA 中有 9381 个显着差异的甲基化区域（DMR）。发现五个不同的 TF 家族的增强子和转录因子（TF）家族富含 DMR。甲基化以及基于基因表达数据的计算机组织反卷积分析表明 PA 中免疫细胞浸润具有显着变化。TF 网络分析表明，bZIP 转录因子与参与免疫相关过程的基因之间存在调节关系。作者为局部甲基化差异和差异基因表达与免疫浸润之间的联系提供了证据。
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