伯豪学院

标题：Epigenomic analysis of Parkinson's disease neurons identifies Tet2 loss as neuroprotective

帕金森病变神经元的表观基因组学分析发现 Tet2 缺失具有神经保护作用

摘要：

帕金森（PD）的发病机制可能涉及某些修饰神经元功能的增强子的表观遗传调控。在这里，作者全面检查了 PD 患者和对照组个体神经元中全基因组增强子的 DNA 甲基化。作者发现在 PD 神经元的增强子上广泛存在胞嘧啶修饰，部分原因是由于羟甲基化水平升高。其中，TET2 是体内发生胞嘧啶修饰的主要调节因子，PD 患者存在 TET2 的表观修饰和转录上调。而神经元细胞模型中的 TET2 缺失能够导致胞嘧啶修饰的改变，与 PD 神经元中观察到的结果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全抑制由先前炎症引起的黑色素多巴胺能神经元丢失。同时，Tet2 缺失也减弱了对炎症触发的转录免疫反应。因此，PD 神经元中广泛失调的增强子的表观修饰可能有部分是由 TET2 表达上调介导的。Tet2 活性的降低在体内具有神经保护作用，并且可能是 PD 的新治疗靶标。

标题：Transcription and DNA Methylation patterns of blood derived CD8 + T cells are associated with age and Inflammatory Bowel Disease but do not predict prognosis

血液中 CD8 + T 细胞的转录和 DNA 甲基化模式与患者年龄和炎症性肠病有关

摘要：

据报道，CD8 + T 细胞的基因表达模式与炎症性肠病（IBD）成年患者的临床结局相关。作者从 112 例新诊断为 IBD 的儿童（71 例患有克罗恩病，41 例患有溃疡性结肠炎）和 19 例无 IBD 的儿童（对照组）中获取了外周血样本，并记录了疾病活动和预后的医学信息。作者通过磁珠分选从血液样本中分离出 CD8 + T 细胞，使用 Affymetrix 和 850K 芯片分别检测全基因组转录（n = 192）和 DNA 甲基化（n = 66）数据，并整合了三组 IBD 成年患者和对照人群 CD8 + T 细胞的转录组和 DNA 甲基化组公开数据。先前的报道发现，仅在 zuì 初的成人 IBD 队列中存在 CD8 + T 细胞的预后表达和疲惫特征，然而在儿童或第二个成人 IBD 队列中都无法检测到这些特征。此外，在三个队列中都能检测到 CD8 + T 细胞基因表达与年龄和性别之间存在关联。在包括非 IBD 对照的两个队列中，CD8 + 基因转录与 IBD 显著相关。作者发现，患有克罗恩氏病的儿童的 CD8 + T 细胞的 DNA 甲基化特征与年龄相关，但与临床结局无关。作者的研究为 IBD 患者开发预后生物标志物提供了方向。

标题：Analysis of Ugandan cervical carcinomas identifies human papillomavirus clade-specific epigenome and transcriptome landscapes

乌干达地区子宫颈癌的分析确定了人类乳头瘤病毒进化枝特异性的表观基因组和转录组图谱

摘要：

宫颈癌是影响撒哈拉以南非洲妇女的常见癌症，在 HIV 阳性（HIV +）个体中普遍存在。迄今为止，尚未对该人群进行癌症基因组，转录组或表观基因组的全面分析。作者鉴定了来自乌干达地区 118 例患者的肿瘤，其中 72 例为 HIV +，并对另外 89 例肿瘤进行了突变分析。作者检测到人类乳头瘤病毒（HPV）进化枝特异性肿瘤的 DNA 甲基化，启动子和增强子相关的组蛋白标记以及基因表达和通路失调。HPV 整合后发生的组蛋白修饰的变化与临近基因和内源性逆转录病毒的上调有关。

标题：The methylomic landscape of fallopian tube lesions associated with ovarian high-grade serous carcinoma

与卵巢高级浆液性癌相关的输卵管病变的甲基化图谱

摘要：

目前在高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的患者中，大多数 HGSC 源自输卵管的前体浆液性输卵管上皮内癌（STIC）病变。作者调查了 HGSC 前体病变中的全基因组甲基化，以鉴定表现出高特异性的差异性高甲基化的基因组区域，作为治愈性干预可能存在的 STIC 和 HGSC 的生物标记。作者首先确定了质量控制标准，以便使用 850K 芯片对输卵管前体病变组织进行甲基组学分析。然后，作者使用该平台比较了 12 个 STIC 与配对的正常上皮，一个 p53 标记性病变和 2 个同时发生的 HGSC 样本之间的全基因组甲基化。通过无监督的层次聚类和多维分析来分析所得的甲基化数据。使用选择性生物信息学标准鉴定了高可信度 STIC 特异性的差异性高甲基化区域，并将其与来自 23 种 HGSC 肿瘤和 11 种健康输卵管粘膜的甲基化 EPIC 数据进行了比较。无监督的分析表明，STICs 与 HGSCs 大量聚集，但与正常的输卵管上皮明显不同。42 个基因组区域显示出高可信度的 STIC 特异性差异甲基化，其中 17 个（40.5%）与 HGSC 特异性差异甲基化区域直接重叠。在相同位点处的甲基化能够将 STIC 和 HGSC 样品与正常和相邻正常样品完全区分开。结果表明，大多数 STIC 在表观遗传学上与 HGSC 相似，并且具有相同的差异性高甲基化区域，因此有必要进一步评估其是否可以用作早期检测卵巢 HGSC 的生物标记物。

标题：Regulation of Leaf Longevity by DML3-Mediated DNA Demethylation  

DML3 介导的 DNA 去甲基化对叶片寿命的调节

摘要：

叶片衰老是由衰老相关基因（SAG）的表达驱动的。发育特异性基因通常在其启动子和其他区域发生 DNA 去甲基化作用，从而调节基因表达。DNA 去甲基化是否以及如何调节 SAGs 的表达，从而调节叶片的衰老的机制仍然不清楚。对野生型（WT）和 demeter-like 3（dml3）拟南芥叶片在三个发育阶段的全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）分析显示，与 WT 相比，dml3 叶片衰老过程中的甲基化程度高，并且有 20556 个差异甲基化区域（DMRs）。此外，作者确定了 335 个 DMR 相关基因（DMG）（例如 NAC016 和 SEN1）在叶片衰老过程中被上调，并发现 WT 中 DNA 甲基化水平（特别是在启动子区域）与相关 SAG 的转录本丰度呈负相关。相反，在 dml3 中，SAG 的启动子被高度甲基化，其转录水平显着降低，并且叶片衰老被显著延迟。作者的研究揭示了一种新的表观遗传调控机制，该机制涉及叶片衰老，其中 DML3 在衰老开始时和衰老过程中表达，通过使启动子，基因体或 3'UTR 区去甲基化以激活 SAG 的表达，使叶片衰老明显延迟。

标题：Arabidopsis shoot stem cells display dynamic transcription and DNA methylation patterns 

拟南芥干细胞的动态转录和 DNA 甲基化模式

摘要：

在植物中，气生器官起源于茎尖分生组织中心的干细胞。下表皮干细胞的后代是生殖细胞的祖细胞，产生雄配子和雌配子。在这些细胞中，必须避免突变，包括转座因子或病毒的插入，以保持世代间的基因组完整性。为了研究拟南芥中干细胞的分子特性，作者分离了它们的细胞核，并分析了不同年龄植物中阶段特异性基因表达和 DNA 甲基化。干细胞表达特征在很大程度上取决于发育阶段，但包括一组核心的干细胞特异性基因，其中包括与表观遗传沉默有关的基因。在开花转变之前，分生组织中转座因子的瞬时增加与发育过程中 CHG 甲基化增加和干细胞进入生殖谱系之前的 CHH 甲基化降低有关。这些结果表明表观遗传重编程可能在该谱系的早期发生，并可能在种系发育过程中对干细胞的基因组保护做出贡献。