在医学研究中，我们近年更关注的是 RNA-seq，各种 RNA-seq：测整体的 bulk RNA-seq，测单细胞的 RNA-seq，还有近期兴起的空间转录组（Spacial gene expression）……国自然中，非编码 RNA 的研究也受到了很大的关注。这些似乎都在告诉我们：得了 RNA，就得天下！
是的，我们知道，细胞内的 RNA，只有组 2% 会翻译成蛋白质，而 98%，都不会翻译成蛋白质，是非编码 RNA，并且由于研究得相对少，留下了非常非常多未知的部分。这是一个巨大的黑洞，或者说金矿，等待人们去发掘。
那么，其它的检测，比如蛋白质的检测，就要打入冷宫了么？
当然不是！
我们熟悉的中心法则，用文字写下，是 DNA-RNA- 蛋白质。DNA 到 RNA 的过程，称为转录，RNA 到蛋白质的过程，称为翻译。这些分子，含有的信息都非常复杂，不止一维的序列可以代表。比如 DNA 会有甲基化修饰，进而影响到基因的表达，这被称为“表观遗传”。RNA 的修饰也有甲基化修饰，近年来 m6A RNA 研究正如火如荼，风头正盛。至于说蛋白质，修饰就更多了，比如磷酸化在信号通路中非常重要，乙酰化了参与了几乎所有的生物学过程。我们看到，这些分子本身含有多维的信息，不是 RNA-seq 一招鲜能全部解决的。
关注到蛋白质。为什么蛋白质检测非常重要？
蛋白检测的重要性
（1）蛋白质是功能的执行者
当然非编码 RNA 也是功能的持行者，不过我们想想，现在非编码研究得多的 ceRNA 的落脚点，miRNA 的靶基因，基本上还是回到了编码蛋白的基因上。非编码 RNA 还有其它的功能，也有很多功能是需要蛋白质参与的。
基因的水平和蛋白水平不一致性。在全基因组中，mRNA 和蛋白质表达水平之间的相关性很差，在许多研究中的解释力（explanatory power）徘徊在 40% 左右 [1]。蛋白质种类远多于基因数量，分类也比基因复杂。所以，仅从单定量或者单定性上来看，蛋白质检测是非常有必要的。
（2）蛋白的表达调控非常地复杂
时间上，有发育的各种的时序调控，也有翻译前和翻译后的调控。空间上，有各种细胞器，各种组织、器官。蛋白质功能发挥机制也很复杂，涉及到蛋白质结构、相互作用等等。因此，蛋白质研究有其独特的复杂性，无可替代！
（3）现在的多组学联合的研究，蛋白质的检测与其它组学的结合，会更深入的了解到生物学现象背后的作用机制
比如，转录组 + 蛋白组的组合。转录组代表了基因表达的中间状态，可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理；而蛋白是生物体直接的功能执行者，因而对其表达水平的研究有着不可替代的优势。联合转录组学和蛋白组学数据对生物样本进行系统研究，能真正观察到 mRNA- 蛋白质关联性，进而从整体上解释生物学问题。甚至，可用转录组 + 蛋白组 + 代谢组，更多组学联合分析。2017 年一篇 PNAS 的文章 [2]，作者以成年斑马鱼鱼尾为研究模型，并沿着空间轴（近端，中部，远端）对未受伤以及造模后鱼尾的转录组、蛋白质组和代谢组进行了定量分析和联合分析。与其他研究的结果类似，作者发现转录组和蛋白质组关联度比较有限；同时代谢组的结果不仅能够很好的印证分子层面对表型的调控效应，而且还能够对分子机制作用进行补充。因此，转录、蛋白、代谢水平的联合研究，能促进我们更好地研究组织变化过程。
检测方法
在从 DNA 到 RNA 到蛋白质的流程中，有各种检测方法，用图来表示则如下：
蛋白质的检测，包括蛋白组、修饰组、芯片等，还包括细胞因子的检测。下次我们来详细介绍蛋白质检测的各种方法及应用。
参考文献：
[1]De Sousa Abreu R, Penalva LO, Marcotte EM, Vogel C. Global signatures of protein and mRNA expression levels. Mol Biosyst. 2009 Dec;5(12):1512-26.
[2]Jeremy S. Rabinowitz Aaron M. Robitaille. Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Jan 31; 114(5): E717-E726.
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