单细胞转录组测序（Single-cell RNA-sequencing）是指在单细胞水平上对 RNA 进行高通量测序和分析的新技术。不同于常规 Bulk Sequencing（组织或细胞群测序）得到的结果只是大量细胞的平均表达水平，单细胞测序能够深入挖掘细胞特异性的信息。目前，单细胞测序已广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境、神经科学、胚胎发育、细胞分化等领域的研究。

伯豪特色

6 年的单细胞服务经验，协助客户在 Cell Research、Nature Neuroscience 等杂志上发表文章。

拥有三大单细胞测序服务平台，包括低通量的 SMART-seq，以及高通量的 10X genomics 和 BD Rhapsody 的单细胞 RNA 测序服务平台。

自主研发的单细胞组织保护液，保证了新鲜组织样本的低温存储和运输。

累计成功完成 30 余种组织类型的单细胞悬液制备（包括人外周血液细胞，临床组织及大小鼠组织或器官）。针对单细胞悬液制备过程中遇到的主要问题，如死细胞比例高、活性达不到上机要求；细胞形态异常；细胞消化不完全、聚集成团、碎片偏多、红细胞比例偏高等，公司单细胞测序团队通过已经积累的经验，为客户提供合理化的建议，提高单细胞测序的成功率。

完善的数据处理方法，及个性化的分析方法。

技术参数

SMART-seq

建库起始量：1~100 cells；

测序模式：Illumina HiSeq PE150；

推荐数据量：>=6 Gb/ 样本。

10X genomics & BD Rhapsody

总量 > 105  目标细胞个数（底限 10,000 个细胞）；

浓度 500-1,000 个 /uL；

细胞间无粘连（成团率 <5%）；

无大于 40um 的细胞碎片或其他颗粒物；

细胞成活率应大于 80%（台盼蓝染色检测）；

不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。

服务流程

数据分析

包括数据预处理，基础分析，高级分析和个性化分析，部分分析结果展示如下：

案例解析
案例展示
案例一（神经生物学，使用技术 SMART-seq）

伯豪生物助力中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所张旭院士研究组，通过高覆盖度的单细胞测序和以神经元大小为参考的层次聚类，对小鼠背根神经节初级感觉神经元进行了分类，又通过全细胞膜片钳在体记录结合单细胞 PCR 方法可检测各类初级感觉神经元对外周皮肤刺激的反应。该工作通过高覆盖的单细胞测序对初级感觉神经元进行了重新分类，并且建立了基因表达与在体内功能的相互关系。该成果已经发表在了 2015 年 12 月的国际知名期刊 Cell Reasarch（影响因子 11.981）上。该研究中单细胞测序及数据分析服务由上海伯豪生物技术有限公司提供。

原文出处：Li CL, Li KC, Wu D, et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Res. 2015, 26(1):83-102.

案例二（疾病不同进程的细胞组成差异，10X genomics）

肠型胃癌以癌前病变为主，包括慢性萎缩性胃炎和肠上皮化生。在这项研究中，作者构建了一个单细胞图谱，包含了 32,332 个来自胃窦粘膜活检的高质量细胞。然后，作者构建了一个基于细胞和分子特征的单细胞网络。研究发现在上皮化生过程中，腺体黏液细胞趋向于获得肠样干细胞表型，作者将 OR51E1 作为早期恶性病变中独特内分泌细胞的标记。作者还发现，HES6 可能标记杯前细胞簇，可能有助于早期化生的鉴定。作者确定了一组 EGC 特异性标记，对 EGC 的准确诊断具有临床意义。作者的研究提供了无与伦比的见解，以了解人类胃细胞组在癌前和早期恶性病变。

原文出处：Zhang P, Yang M, Zhang Y, et al. Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer. Cell reports, 2019, 27(6): 1934-1947. e5.

应用方向

肿瘤异质

Kim C, Gao R, Sei E, et al. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative  Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing. Cell 2018, 173(4):879-893.

肿瘤免疫微环境

Zheng C, Zheng L, Yoo JK, et al. Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing. Cell 2017, 169(7):1342-1356. 神经科学

Li CL, Li KC, Wu D, et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Res 2015, 26(1):83-102.

胚胎发育

Li L, Dong J, Yan L, et al. Single-Cell RNA-Seq Analysis Maps Development of Human Germline Cells and Gonadal Niche Interactions. Cell Stem Cell 2017, 20(6):858-873

细胞分化

Bach K, Pensa S, Grzelak M, et al. Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing. Nat Commun 2017, 8(1):2128.

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