伯豪生物
Shbio ceRNA 芯片

芯片简介

一箭三雕,一张芯片同时检测 lncRNA、circRNA、mRNA。

ceRNA 芯片技术简介

技术特点

稳定:芯片采用 Agilent eArray 平台设计,使用 Agilent SurePrint 技术合成,探针长 60mer,检出率高,技术重复性高于 99%;利用芯片碱基互补杂交的方式,能够比测序技术更灵敏、稳定地对表达丰度较低的 circRNA、lncRNA 进行检测;

超值:芯片覆盖 circRNA、lncRNA、mRNA。一份芯片数据同时提供三个层面的表达信息,circRNA 和 lncRNA 作为典型的内源竞争性 RNA,此款芯片可以让您畅游 ceRNA 调控研究;

特异性高:环状 RNA - 特异的反向剪接位点探针设计,保证每个探针检测的特异性,避免与母基因之间的冗余影响。

仪器平台

Agilent 芯片平台

伯豪优势

成熟的服务平台:稳定而系统的芯片实验全面解决方案,可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。

专业的实验人员:从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员,具有丰富的芯片实验操作经验,遵循严格的质控标准,层层把关确保高质量完成实验。

强大的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

稳健的支持团队:一对一服务,为您解决项目全过程中的各类问题,包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

样本要求

ceRNA 芯片样本要求

分析流程

ceRNA 芯片分析流程

案例展示

案例一

研究背景

胶质母细胞瘤(GBM) 是最常见的原发性恶性脑肿瘤,多发生于中枢神经系统,是人类最致命的癌症之一。传统的 GBM 治疗方法术后易复发,预后差,平均存活期约为 15 个月,而个性化治疗往往存在成功率低且副作用大的问题。因此,急需开发新的特别是那些针对复杂基因调控网络的治疗方法。

研究思路

ceRNA 芯片研究思路

研究结果

本研究利用 ceRNA 芯片(上海伯豪提供)筛选 GBM 中差异表达的非编码 RNA,通过 TargetScan 预测和 pulldown 实验,锁定了研究目标 circRNA—circNT5E。体内外表型研究结果显示 circNT5E 不仅对 GBM 细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭有影响,还能有效促进体内 GBM 肿瘤的形成。功能研究实验结果显示 circNT5E 通过与 miRNA-422a 的结合,解除 miRNA-422a 对其下游靶基因的抑制作用,激活 Akt、Smad2 等信号通路来影响 GBM 细胞的增殖、凋亡、迁移及侵袭。

ceRNA 芯片研究结果

参考文献

Wang R, Zhang S, Chen XY, Li N, Li JW, Jia RC, Pan YQ, Liang HQ. CircNT5E acts as a sponge of microRNA-422a topromote glioblastoma tumorigenesis. Cancer Res. 2018. 78(17):4812-4825.

案例二

研究背景

肺癌是最常见的癌症,80-85% 的人类肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC),其中肺鳞癌(LUSC)和肺腺癌(LUAD)是主要的亚型。目前用于特定基因突变的靶向药物的开发极大地改善了晚期 LUAD 患者的治疗效果,但这一方法对 LUSC 见效甚微。因此,进一步了解 LUSC 发展的分子机制对于开发更有效的治疗方案至关重要。

研究思路

案例二 ceRNA 芯片研究思路

研究结果

研究人员利用 ceRNA 芯片(上海伯豪提供)对 LUSC 及其临近正常组织进行了 circRNA 检测,通过共表达分析及 qPCR 验证,确定目标 circRNA-circTP63。体内外敲减及过表达实验表明 circTP63 能够促进肿瘤细胞增殖和肿瘤生长,且与细胞周期进展相关。共表达分析及 circTP63 敲减 / 过表达分析,确定 FOXM1 为 circTP63 靶基因。进一步生信分析及功能获得 / 缺失实验确定 circTP63 是通过 miR-873-3p 作用于 FOXM1 及下游基因 CENPA 和 CENPB,促进细胞周期的进展,进而促进 LUSC 细胞的增殖和肿瘤生长。

案例二 ceRNA 芯片研究结果

参考文献

Cheng Zhuoan, Yu Chengtao, Cui Shaohua et al. circTP63 functions as a ceRNA to promote lung squamous cell carcinoma progression by upregulating FOXM1.[J] .Nat Commun, 2019, 10:3200.

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