伯豪生物
miRNA 芯片

miRNA 芯片应用

筛选差异表达 miRNA,差异 miRNA 靶基因预测。

伯豪优势

成熟的服务平台:稳定而系统的芯片实验全面解决方案,可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。

专业的实验人员:从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员,具有丰富的芯片实验操作经验,遵循严格的质控标准,层层把关确保高质量完成实验。

强大的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

稳健的支持团队:一对一服务,为您解决项目全过程中的各类问题,包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

Agilent 芯片

伯豪生物是 Agilet 基因芯片官方认证服务商。

Agilent 芯片技术特点

通过特殊的探针设计区分成熟 miRNA 和 miRNA 前体的芯片平台;

无需分离 miRNA,直接用 Total RNA 进行实验,只需 100ng 的 Total RNA 即可用来进行标记实验(不包括质检所消耗的量),避免了分离、富集、放大等过程带来的影响;

样品适用范围广:组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验;

高特异性:探针设计能区别一个碱基的差异;

高灵敏度:检测丰度跨 4 个 log,高可达 6 个 log,只要存在 6000 个拷贝的分子就可以检出;

数据来源于 miRBase 21.0 版本,并方便及时更新;

人、大鼠、小鼠之外的动物物种,可以方便的通过 earray 进行个性化定制。

Affymetrix 芯片

伯豪生物是 Affymetrix 基因芯片官方认证服务商。

Affymetrix 芯片技术特点

高覆盖度 - 涵盖 miRBase Release 20 中所有成熟的 miRNA 序列;

新型的分析 - 采用同样的芯片可以检测人、小鼠、大鼠或其他物种的 miRNA(同时检测 203 个物种的 miRNA);

信息量大 - 芯片结果包括:host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA 等;

样本量低 - 仅需要 130ng 的 total RNA;

高灵敏度:检测丰度跨 4 个 log,可以检测到 1.0 attomol 的 microRNA 含量。

样本要求

样品适用范围:组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验。

分析流程

miRNA 芯片服务的分析流程

案例展示

案例一

研究背景

肝细胞癌(HCC)肺转移是肝细胞癌中最常见的远端侵入类型,是 HCC 死亡的主要原因之一。该过程涉及肿瘤微环境中各种细胞(包括肿瘤细胞和基质细胞)之间的细胞间通讯。肿瘤相关的成纤维细胞(cancer-associated fibroblasts,CAFs)作为肿瘤基质中最丰富的细胞类型,在促进肿瘤进展和转移过程中起着关键作用。外泌体可以由多种类型细胞产生,通过递送信息物质(如蛋白质、脂质和核酸)在细胞通讯间起中介作用。miRNAs 作为小的非编码 RNA,通过抑制靶标 mRNA 的翻译来行使功能。有研究表明,外泌体中具有高水平的 miRNA,且外泌体 miRNA 与多种肿瘤类型的免疫调节、化疗耐药和转移相关。

研究思路

miRNA 芯片案例一研究思路

研究结果

王红阳院士课题组研究人员发现在肺转移微环境中,高转移性肝细胞癌(HCC)细胞比低转移性 HCC 细胞表现出更高的将正常成纤维细胞转化为肿瘤相关成纤维细胞(CAF)的能力。高转移性 HCC 细胞分泌的外泌体 miR-1247-3p 直接靶向 B4GALT3,导致成纤维细胞中 β1-integrin-NF-κB 信号通路的活化。活化的 CAF 通过分泌促炎症细胞因子(包括 IL- 6 和 IL-8)进一步促进癌症进展。临床数据显示血清中高外泌体 miR-1247-3p 表达水平与 HCC 患者的转移相关。这些结果表明由肿瘤分泌的外泌体介导的肿瘤细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯,从而调控 HCC 的转移,该研究为预防和治疗肿瘤转移提供潜在的靶点。

miRNA 芯片案例一研究结果

参考文献

Fan Song, Tian Tian, Chen Weixiong et al. Mitochondrial miRNA Determines Chemoresistance by Reprogramming Metabolism and Regulating Mitochondrial Transcription.[J] .Cancer Res., 2019, 79: 1069-1084.

案例二

研究背景

从细胞核转移至线粒体的 MicroRNA(miRNA)称为线粒体 microRNA(mitomiR)。mitomiR 已被证明可调节线粒体基因组的翻译活性,但它们在线粒体 DNA(mtDNA)转录中的作用仍有待确定。在本文研究人员报道 mitomiR-2392 通过下调氧化磷酸化(OXPHOS)和上调糖酵解来重新编程代谢,从而调节舌鳞癌(TSCC)细胞的化学耐药性。

研究思路

miRNA 芯片案例二研究思路

研究结果

通过 miRNA 芯片实验,TSCC 化疗耐药细胞株中筛选出线粒体特异高表达的 11 个候选 miRNA,其中,miR-2392 差异表达最为显著。通过分析多种癌症的 GEO 数据,发现 miR-2392 的表达均有显著升高的趋势。进一步研究发现不同于核基因,线粒体基因组存在较高频率的变异,而生信分析表明,线粒体 H 链上存在与 miR-2392 结合的高度保守区域,miR-2392 对线粒体基因的表达调控作用,需要维持保守的 5’端结构。对 miR-2392 调控线粒体基因组表达的可能机制进行研究发现,在 AGO2 的协同作用下,mitomiR-2392 识别 H 链中的靶序列,部分抑制多顺子 mtDNA 转录。此外,TSCC 患者的化疗敏感性和总生存率与 miR-2392 参与的线粒体基因表达数据之间存在显著相关性。

miRNA 芯片案例二研究结果

参考文献

Fang Tian, Lv Hongwei, Lv Guishuai et al. Tumor-derived exosomal miR-1247-3p induces cancer-associated fibroblast activation to foster lung metastasis of liver cancer.[J] .Nat Commun, 2018, 9:191.

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