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Affymetrix 表达谱芯片

表达谱芯片应用

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在 mRNA 水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中(如疾病、发育、分化、凋亡等)基因表达变化的全面信息。

伯豪优势

成熟的服务平台:稳定而系统的芯片实验全面解决方案,可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。

专业的实验人员:从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员,具有丰富的芯片实验操作经验,遵循严格的质控标准,层层把关确保高质量完成实验。

强大的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

稳健的支持团队:一对一服务,为您解决项目全过程中的各类问题,包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。

Affymetrix 表达谱芯片

Affymetrix 表达谱芯片服务

技术特点

芯片设计:采用光蚀刻原位合成技术合成芯片;

灵敏度高:25mer 长度的短探针设计,灵敏度更高;

重复性高,稳定性好:针对每个转录本设置多组探针,保证信息完整性及实验稳定性。通用性:Agilent 所有芯片相关产品都采用了 1″×3″工业标准的芯片。

样本要求

Affymetrix 表达谱芯片样本要求

分析流程

Affymetrix 表达谱芯片分析流程

案例展示

案例一

研究背景

鼻咽癌是我国常见的头颈肿瘤,其中以华南地区最多。约 70% 的鼻咽癌患者在就诊时已经处于局部区域晚期(无远处转移),严重威胁着我国人民的生命健康。目前局部区域晚期鼻咽癌患者仍有 20-30% 的在治疗后会出现远处转移,成为治疗失败的主要原因。采取传统的肿瘤临床 N 分期方法,预测远处转移的准确性仅为 57% 左右;并且,相同分期的患者接受同样的治疗后常常出现不同的生存结局,临床上缺乏有效的标志物指导鼻咽癌患者的治疗方案选择。

研究思路

Affymetrix 表达谱芯片案例一研究思路

研究结果

中山大学肿瘤防治中心马骏教授团队开展了现今国际最大规模的鼻咽癌分子标志物研究,团队通过 Affymetrix Human Gene 2.0 ST 芯片对接受治疗后有无出现远处转移的鼻咽癌组织(FFPE 样本)全基因组表达水平进行对比分析,从数万个基因中初步锁定 137 个差异表达基因,再用回归分类器的统计方法从 410 例患者中筛选 13 个远处转移相关的基因构建分子标签,将病人分为高风险组和低风险组。结果显示,高风险组患者 5 年远处转移率高达 37%,低风险组则仅为 9%。本项研究还发现,利用这组分子标签可以区分鼻咽癌患者同期化疗获益人群。与鼻咽癌传统预后指标相比效果,将分子标签与 N 分期等临床指标相结合构建鼻咽癌远处转移线列图,能够将预测准确性由 57% 提高至 75%。

Affymetrix 表达谱芯片案例一研究结果

参考文献

Tang Xin-Ran, Li Ying-Qin, Liang Shao-Bo et al. Development and validation of a gene expression-based signature to predict distant metastasis in locoregionally advanced nasopharyngeal carcinoma: aretrospective, multicentre, cohort study.[J] .Lancet Oncol., 2018, 19: 382-393.

案例二

研究背景

必需氨基酸(甲硫氨酸、缬氨酸、赖氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、亮氨 酸、苏氨酸、组氨酸)不仅为蛋白质、脂类、核酸等生物大分子的合成提供“原料”,而且还能够作为信号分子诱导 mTOR 通路的激活。相对正常细胞来讲,肿瘤细胞大量吸收葡萄糖和谷氨酰胺,同时也需要由谷氨酰胺之外的其他氨基酸提供碳源和氮源,其中最为关键的就是人体不能合成、必须依赖外源摄取的必需氨基酸。肿瘤细胞常常表现出大量吸收必需氨基酸这一重要特征,然而如何快速转运必需氨基酸以及必需氨基酸代谢如何促进肿瘤恶化的机制尚不清楚。

研究结果

武汉大学医学研究院卿国良教授课题组研究人员首先证明了癌蛋白 MYC 是激活肿瘤细胞摄取必需氨基酸的关键性转录调控因子。进一步研究发现,MYC 通过直接激活的方式调控了 SLC7A5 和 SLC43A1 的表达,并形成了 MYC-SLC7A5/SLC43A1 正反馈环路,增强肿瘤细胞对必需氨基酸的摄取,抑制 GCN2-eIF2α-ATF4 应激通路,继而选择性激活 Myc、Bcl2、Cyclin D1 等关键促癌基因的蛋白质翻译,最终促进肿瘤的恶性发展。该研究报道了 Myc-SLC7A5/SLC43A1 正反馈环路通过重编程必需氨基酸代谢从而促肿瘤恶性发展的分子机制,不但揭示了代谢异常促肿瘤发生发展的新机制,而且为 MYC 高表达肿瘤病人的治疗提供了潜在靶点。

Affymetrix 表达谱芯片案例二研究结果

参考文献

Yue Ming, Jiang Jue, Gao Peng et al. Oncogenic MYC Activates a Feedforward Regulatory Loop Promoting Essential Amino Acid Metabolism and Tumorigenesis.[J] .Cell Rep, 2017, 21: 3819-3832.

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