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【表观遗传联合转录测序】加油开学季 | 表观遗传联合转录测序大聚惠
发布时间:2019-04-16 浏览次数:5814
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3999 元 / 样本

850K 甲基化芯片检测 &mRNA 测序服务

√    单个样本 mRNA 测序数据量不小于 6G!

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伯豪生物甲基化芯片检测服务优势

√  质优价廉: 伯豪生物拥有多年的甲基化芯片服务经验,服务客户曾发表多篇 IF>10 文章,包括 JCO, Nature Communications, Cell Stem Cell 等。

√ 强大的数据分析团 :伯豪生物拥有一支具有丰富生物信息分析经验的工程师队伍,人才梯队配置合理,项目负责人具有大项目分析经验(EWAS 项目,Hongsong Yu, et al. 2019),能完成各类高难度高级分析。

√  超快的分析周期:  芯片上机结束,拿到数据后,2 个工作日即可完成基础分析。

√  极低的样本起始: 10 年的 FFPE 样本处理经验,特殊样本总量低至 250ng,  仍可提供完美的解决方案。


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伯豪 mRNA 测序服务优势

√  样本处理: 超过 200 种样本的 RNA 抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;

√  文库构建: 低至 200ng 起始的建库能力,另有单细胞(微量)测序解决方案;

√  质控管理:ISO9001 认证,Illumina CSPro 认证;

√  数据分析: 学术界权威的算法和流程;全面的分析内容;灵活的定制分析;

√  项目成果: 协助客户发表 116 篇论文,平均 IF>5。


联合分析展示

1、热图形式展示关联结果


图 1   结合各样本的基因表达数据和 CG/CHG/CHH 层面的甲基化数据,进行关联展示,可以直接看出甲基化与基因表达之间的关系。

Kawakatsu T , Stuart T , Valdes M , et al. Unique cell-type-specific patterns of DNA methylation in the root meristem[J]. Nature Plants, 2016, 2(5):16058.


2、 散点图形式展示关联结果


图  2   甲基化与表达的关联分析。横坐标为组间样本同一位点的均值△β。纵坐标代表基因 FPKM 的倍数差异(可以取 log2)。


3、样本内所有基因的甲基化与表达的关联结果展示


图  3  样本(或组内)所有基因的甲基化与表达的相关性。横坐标代表基因 FPKM 的倍数差异(可以取 log2(FPKM+1))。纵坐标为基因启动子区的甲基化程度均值。


4、特定基因对应不同类型样本间 RNA 与甲基化的关联展示


图  4   不同组的各样本 CTRC 基因的启动子区甲基化与 RNA 表达的关联分析。横坐标为各样本的基因启动子区的甲基化程度均值。纵坐标代表以 FPKM 代表基因的表达量。

Anonymous (2017) Comprehensive and Integrative Genomic Characterization of Hepatocellular Carcinoma. (Translated from eng) Cell 169(7):1327-1341 e1323 (in eng).