10x 空间转录组数据跑完 Space Ranger 之后都会生成单个样本的 cloupe.cloupe 文件，这个文件可以用 Loupe Browser 来对单个样本进行可视化，Loupe Browser 操作简单、结果直观，非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。但是，做过单细胞或空间转录组项目的同学应该都知道，实际上做数据分析的时候是需要多个样本合并起来分析的，如果再用单个样本进行可视化就不太合适了，所以我们需要把多个样本的 cloupe.cloupe 整合成一个合并的 cloupe 文件，这样就方便自己用 Loupe Browser 来有效的挖掘有价值的信息。
这里我们来介绍一下，怎么用 10x spaceranger aggr 来合并多个空间转录组测序的样本数据。
步骤一
确保单个样本的 spaceranger count 已经跑完了，假如我们前面运行 spaceranger count 时生成了三个文件：
1 $ spaceranger count --id=LV123 ……
2 wait for pipeline to finish ……
3 $ spaceranger count --id=LB456 ……
4 wait for pipeline to finish ……
5 $ spaceranger count --id=LP789 ……
6 wait for pipeline to finish ……
步骤二
准备样本信息的 csv 文件，内容格式如下（注意逗号分隔）。
列信息说明：
library_id: 样本 id；
molecule_h5: 运行 spaceranger count 生成的 molecule_info.h5 文件路径；
cloupe_file: 运行 spacerangercount 生成的 cloupe.cloupe 文件路径；
spatial_folder： 运行 spaceranger count 生成的 spatial 文件夹路径。
除了上面指定的 4 列之外，也可以加入其它分类信息的列，之后会在 Loupe Browser 可视化的时候当成一个分组方式来展示。比如下面，增加一列样本分组信息，不过注意这里因为宽度的原因把 spatial_folder 列省略掉了，实际上 spatial_folder 这一列还是有的。
另外需要注意，spaceranger aggr 是不进行批次校准的，所以不同的染色方法的组织是不能合并到一起的（例如免疫荧光和 H & E 染色的组织切片）。
步骤三
运行 spaceranger aggr：
1 $ spaceranger aggr --id=AGG123 \
2 -- csv=AGG123_libraries.csv \
3 -- normalize=mapped
参数说明：
--id： 输出文件的 id
--csv： 样本信息 csv 文件
--normalize：depth 归一化的方法，默认是 mapped，也可以选 none。
结果输出：
成功运行后会到的下面的信息（包括主要的输出文件）
1 2018-10-04 13:36:33[runtime] (run:local)
ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS.fork0.join
2 2018-10-04 13:36:36 [runtime] (join_complete)
ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS
3 2018-10-04 13:36:45 [runtime] VDR killed 210files, 29MB.
4
5 Outputs:
6 - Aggregation metrics summary HTML: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/web_summary.html
7 - Aggregation metrics summary JSON: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/summary.json
8 - Secondary analysis output CSV: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/analysis
9 - Filtered feature-barcode matrices MEX: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/filtered_feature_bc_matrix
10 - Filtered feature-barcode matrices HDF5: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/filtered_feature_bc_matrix.h5
11 - Unfiltered feature-barcode matrices MEX: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/raw_feature_bc_matrix
12 - Unfiltered feature-barcode matrices HDF5: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/raw_feature_bc_matrix.h5
13 - Copy of the input aggregation CSV: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/aggregation.csv
14 - Loupe Browser file: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/cloupe.cloupe
15 - Aggregated tissue positions list: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/aggr_tissue_positions_list.csv
16 - Spatial folder containing spatial images and scalefactors: /home/jdoe/runs/AGG123/outs/spatial
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