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胃肠道肿瘤是常见和主要的恶性肿瘤，包括胃癌、结肠和直肠癌等。胃癌发病有明显的地域性差别，在我国的西北与东部沿海地区胃癌发病率比南方地区明显为高。好发年龄在 50 岁以上，男女发病率之比为 2：1。大肠癌是常见的恶性肿瘤，包括结肠癌和直肠癌，近年有向近端（右半结肠）发展的趋势。其发病与生活方式、遗传、大肠腺瘤等关系密切。

文章展示

文章一

癌症类型：结直肠癌

样本类型：细胞

时间：2019.10.16

杂志：Mol Cancer. 15.302

摘要：YAP 的激活对包括结直肠癌在内的癌症发展至关重要。然而，lncRNAs 的 m6A 修饰是否能在癌症进展中调节 YAP 的激活尚不清楚。作者通过 RIP 测序，RNA FISH 和免疫荧光共染色法筛选 YAP 相互作用的 lncRNA，研究了 YAP 和 lncRNA GAS5 之间的相互作用。MeRIP-seq 与 lncRNA-seq 用于鉴定 CRC 中 YTHDF3 识别的带有 m6A 修饰的靶基因。进行功能获得和功能丧失以分析 GAS5-YAP-YTHDF3 轴在体外和体内 CRC 进展中的功能。GAS5 与 YAP 的 WW 结构域直接相互作用，促进内源性 YAP 从细胞核转移到细胞质，并促进 YAP 的磷酸化和随后泛素介导的降解，从而在体外和体内抑制 CRC 进程。值得注意的是，证明了 m6A reader YTHDF3 不仅是 YAP 通路的新靶点，而且是 YAP 信号转导的关键参与者，lncRNA GAS5 的 m6A 修饰通过 YTHDF3 识别促进了其降解，这为 CRC 进展提供了新的见解。在临床上，CRC 患者的肿瘤中 lncRNA GAS5 表达与 YAP 和 YTHDF3 蛋白水平呈负相关。本研究揭示了 lncRNA GAS5-YAP-YTHDF3 轴的负功能环，并确定了在 CRC 进展过程中 GAS5 的 m6A 修饰诱导了 YAP 信号衰减的新机制，这可能为 CRC 治疗提供了有希望的方法。

doi: 10.1186/s12943-019-1079-y.

文章二

癌症类型：胃癌

样本类型：外周血  

时间：2020.2.1

杂志：Clin Chem. 7.292

摘要：本研究旨在评估 m6A 水平作为胃癌（GC）诊断的生物标志物。作者收集 100 例胃癌患者、30 例良性胃病（BGD) 患者和 75 例健康对照者的外周血。通过检测 total RNA 中 m6A 水平和 m6A 相关蛋白的表达水平。与 BGD、HC 组相比，GC 组外周血中 total RNA 的 m6A 水平明显升高。与 HC 组相比，GC 组中 m6A 去甲基酶 ALKBH5 和 FTO 的表达明显下调。GC 细胞共培养增加了早幼粒细胞（HL-60)、单核细胞（THP-1) 白血病细胞和非致瘤性人外周血 B 淋巴细胞（penge - ebv) 中 RNA m6A 修饰水平。此外，异种移植模型小鼠的外周血中 total RNA 的 m6A 水平升高。在体内和体外，ALKBH5 和 FTO 的表达均降低。外周血 RNA 中 m6A 水平是一种很有前途的胃癌患者非侵入性诊断生物标志物。

doi: 10.1093/clinchem/hvz004.

文章三

癌症类型：胃肠道肿瘤

样本类型：组织

时间：2020.7.25

杂志：Theranostics. 8.579

摘要：目前尚不清楚 m6A 在胃肠道（GI）癌症中的潜在修饰机制。在这里，我们对 GI 癌症中的 9 种已知的 m6A 相关酶进行了全面的分析。使用了来自 TCGA 和 GEO 的数据，并进行通路富集分析。在 STRING 在线平台上分析了 m 6 A 相关酶的蛋白质网络及其相关途径成员。在 MEGA7 中构建了系统发育树。m6A 修饰位点由 SRAMP 预测。通过 m6A SNP 分析了 m6A 相关的 SNP 位点。m6A 相关途径成员的调控方式已通过 m6A-seq，qPCR 和 MAPK 磷酸化芯片进行了验证。作者发现胃肠癌中的大多数 m6A 相关调节因子均被上调，它们的差异表达显着影响了胃肠癌患者的总体生存。发现磷脂酰肌醇 -3- 激酶（PI3K）/ Akt 和哺乳动物雷帕霉素靶标（mTOR）信号通路在包括胃肠道癌在内的大多数人类癌症中可能受到 m6A 修饰的影响，m6A-seq 和 MAPK 磷酸化芯片证实了这一点。研究表明，m6A RNA 修饰在调节 PI3K / Akt 和 mTOR 信号通路功能中具有重要作用。

doi: 10.7150/thno.42971.  eCollection 2020.

文章四

癌症类型：胃癌

样本类型：组织

时间：2019.10.13

杂志：Mol Cancer. 15.302

摘要：目前，m6A 的异常调节在肿瘤上皮 - 间充质转化（EMT) 和转移中的作用尚不清楚。采用 qRT-PCR 和免疫组织化学方法评价 METTL3 在胃癌（GC）中的表达。通过体外和体内实验研究了 METTL3 对胃癌转移的影响。METTL3 的作用机制通过 MeRIP-seq、MeRIP qRT-PCR、共焦 immunofluorescent 分析、荧光素酶分析、免疫共沉淀、RNA 免疫沉淀反应和染色质免疫沉淀反应进行了探讨。METTL3 在胃癌样本中上调。临床上，METTL3 水平升高是预后不良的预测因素。在功能上，发现 METTL3 在体外的 EMT 过程和体内的转移过程中都是必需的。在机制上，初次揭示了 GC 细胞中 METTL3 介导的 m6A 修饰谱，并确定锌指 mym 型含 1 (ZMYM1) 是 METTL3 真正的 m6A 靶点。METTL3 对 ZMYM1 mRNA 进行 m6A 修饰，依赖于“reader”蛋白 HuR(也称 ELAVL1) 依赖途径，增强了其稳定性。此外，ZMYM1 通过招募 CtBP/LSD1/CoREST 复合物结合并介导对 E -cadherin 启动子的抑制，从而促进 EMT 程序和转移。总的来说，研究结果表明了 m6A 修饰在胃癌中的重要作用，并发现 METTL3/ZMYM1/E-cadherin 信号通路在胃癌抗转移策略中是一个潜在的治疗靶点。

doi: 10.1186/s12943-019-1065-4.

文章五

癌症类型：胰腺癌

样本类型：组织

时间：2020.8.25

杂志：Mol Cancer. 15.302

摘要：胰腺癌是人类致命的癌症之一。m6A 是一种常见的真核 mRNA 修饰，在生理和病理过程中都发挥着重要作用。然而，它在胰腺癌中的作用仍然不明确。作者通过 LC/MS 用于测定胰腺癌和正常组织中 m6A 的水平。利用生物信息学分析、qPCR、免疫组织化学和 western blotting 来确定 m6A 相关酶在胰腺癌中的作用。利用 MeRIP-Seq 和 RNA-Seq 评估 METTL14 的下游靶点。作者发现 m6A 水平在 70% 的胰腺癌样本中升高。此外，作者证明 METTL14 是调节 m6A 甲基化的主要酶。METTL14 过表达可通过直接靶向下游 PERP mRNA，并以 m6A 依赖的方式在体内外显著促进胰腺癌细胞的增殖和迁移。m6A 修饰导致胰腺癌细胞内的 PERP mRNA 周转增加，从而降低了 PERP (mRNA 和蛋白）水平。研究数据提示 METTL14 的上调通过 m6A 修饰导致 PERP 水平下降，促进胰腺癌的生长和转移，因此，METTL14 是其潜在的治疗靶点。

doi: 10.1186/s12943-020-01249-8.

文章六

癌症类型：结直肠癌

样本类型：组织 & 细胞

时间：2020.2.1

杂志：Mol Cancer. 15.302

摘要：目前我们对结直肠癌（CRC) 中 m6A 的了解非常有限。作者设计了这项研究来研究 m6A 在 CRC 中的作用。从公共数据库和组织阵列中提取 METTL14 的表达水平，研究 METTL14 在 CRC 中的临床相关性。接下来，我们通过过表达 / 基因敲除实验来定义 METTL14 在 CRC 进展中的作用。同时应用转录组测序（RNA-seq) 筛选 METTL14 的潜在靶点。通过 RNA pull-down 和 RIP-seq 实验验证了 METTL14 与推测靶点的特异性结合。此外，作者还进行了表型补救实验和 MeRIP-seq 来揭示其机制。临床上，METTL14 缺失与 CRC 患者预后不良相关。在功能上，下调 METTL14 可以显著增强 CRC 细胞的体外增殖和侵袭能力，在体内促进肿瘤的发生和转移。机制上，RNA-seq 和 Me-RIP 将 lncRNA XIST 识别为 METTL14 的下游靶点。METTL14 的敲除实质上消除了 m6A 水平的 XIST 和增强的 XIST 表达。发现 m6A 甲基化的 XIST 可以被 m6A reader 蛋白 YTHDF2 识别，从而介导 XIST 的降解。在 CRC 组织中，XIST 表达与 METTL14 和 YTHDF2 呈负相关。研究强调了 METTL14 在 CRC 中的功能和预后价值，并加深了对 RNA 表观遗传学在癌症生物学中的重要性的理解。

doi: 10.1186/s12943-020-1146-4.

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