转眼 6 月已经过去啦，小编在这里为大家精心收集了以 DNA 甲基化研究为主题的较新研究成果，截止现在，6 月以 DNA methylation 为关键词检索到的文献一共有 451 篇，小编在这里为大家精心挑选一下 7 篇作为重点分享，包括 多组学研究、甲基化标志物研究、HBV 感染对 DNA 甲基化影响以及一些容易模仿的纯分析文章、还有较新发表的外泌体中 DNA 甲基化的检测技术 等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取 6 月较新的 DNA 甲基化研究成果和动态，平均 IF>8。
文章展示
01
标题：Unraveling the Genomic-Epigenomic Interaction Landscape in Triple Negative and Non-Triple Negative Breast Cancer
三阴性乳腺癌和非三阴性乳腺癌的多组学研究
时间：2020/6/12
期刊：Cancers (Basel) 6.162
IF=6.162
平台：TCGA
摘要：近年来，随着下一代测序技术的迅猛发展，乳腺癌基于分子特征有了更多亚型。然而，体细胞突变和基因表达数据尚未与表观基因组数据进行合并整合分析。本文作者结合癌症基因组图谱（TCGA) 中的体细胞突变、表观基因组和基因表达数据进行整合数据分析，以阐明 TNBC 和非 TNBC 中基因组和表观基因组变异之间可能的致癌相互作用。研究发现了特有的体细胞突变、表观基因组和基因表达特征可以区分 TNBC 和非 TNBC。此外，研究还揭示了每一种乳腺癌特有的体细胞突变和表观基因组变化的分子网络和信号通路。TNBC 显著的途径有视网膜生物合成、BAG2 等信号通路。非 TNBC 重要的通路有 UVB 诱导的 MAPK、PCP、内质网应激等通路。研究表明，基于多组学数据的整合分析是阐明 TNBC 和非 TNBC 基因组 - 表观基因组相互作用的有效方法。
02
标题：Inflammatory Macrophage Memory in NSAID-exacerbated Respiratory Disease
非甾体抗炎药加重呼吸系统疾病中巨噬细胞的促炎代谢和表观遗传重编程
时间：2020/6/12
期刊：J Allergy Clin Immunol 14.11
IF=14.11
平台：850K、RNA-seq、靶向 LC-MS/MS
摘要：非甾体抗炎药加重呼吸系统疾病（N-ERD) 是一种慢性炎症状态，由花生四烯酸（AA) 代谢异常导致。巨噬细胞是 AA 代谢物的主要生产者并且受到代谢重编程的影响，但它们在 N -ERD 中经常被忽视。作者试图从代谢组学和表观基因组学的角度阐明 N -ERD 中巨噬细胞重编程。对 N -ERD 患者组和健康对照组中巨噬细胞的转录组、代谢组和脂质代谢产物谱进行了评估。通过靶向代谢组学分析，对 N -ERD 患者（n=15) 和健康个体（n=10) 中对鼻粘膜液、痰和血浆中的代谢物进行量化。全基因组甲基组学被用来探究 N -ERD 中巨噬细胞重编程的表观遗传机制。作者发现，N-ERD 单核细胞 / 巨噬细胞的 DNA 甲基化总体减少，代谢异常，趋化因子表达增加，表明持续的促炎激活。N-ERD 巨噬细胞中差异甲基化区域（DMRs) 包括参与趋化因子信号转导和酰肉碱代谢的基因。N-ERD 患者巨噬细胞、痰液、鼻内膜液和血浆中酰基肉碱升高。与健康巨噬细胞相比，在炎症刺激下，N-ERD 巨噬细胞产生的酰基肉碱、促炎 AA 代谢物、细胞因子和趋化因子水平升高。总之，研究发现解释了 N -ERD 中巨噬细胞的促炎代谢和表观遗传重编程。
03
标题：Harnessing Peripheral DNA Methylation Differences in the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) to Reveal Novel Biomarkers of Disease
阿尔兹海默症在外周血中 DNA 甲基化标志物研究
时间：2020/6/15
期刊：Clin Epigenetics 5.496
IF=5.496
平台：850K
摘要：阿尔茨海默病（AD) 是一种慢性进行性神经退行性疾病，全球约有 4400 万成年人受到影响。AD 的病因病理学（淀粉样蛋白和 tau 蛋白的积累）比痴呆症的标志性症状早了十多年，这就提示非常需要开发疾病发病的早期诊断标记物，特别是针对旨在改变疾病进程的新药。为了评估差异性甲基化位点（DMPs) 作为 AD 的新型血液生物标志物，作者使用了阿兹海默病神经成像协会（ADNI) 653 名患者的外周血样本。所选的 AD 患者、轻度认知障碍（MCI) 患者和年龄匹配的健康对照（CN) 队列均有影像学、遗传学、转录组学、脑脊液蛋白标记和全面的临床记录。作者通过纵向比较在 AD、MCI 和年龄匹配的 CN 个体队列的 DNA 甲基化。EWAS 分析采用一种混合模型来检测 AD 与 CN、AD 与 MCI、MCI 与 CN 中两两差异甲基化比较。显著的差异甲基化位点也通过精神状态检查（MMSE) 得分进行跟踪。脑和神经退行性相关基因（如 BDNF、BIN1、APOC1) 附近的差异甲基化位点富集，通过 GTex 验证基因表达。研究表明，年龄匹配的 AD 患者与健康对照组之间的外周差异甲基化将为进一步研究和验证差异甲基化作为疾病的标志物提供机会。考虑到脑组织的不可获取性，与外周血相关的甲基化标记可能有助于识别疾病的阶段和进展表型，这些信息将是开发成功的 AD 药物的核心。
04
标题：Methylation Dependent Gold Adsorption Behaviour Identifies Cancer Derived Extracellular Vesicular DNA
外泌体 DNA 甲基化的检测方法
时间：2020/6/7
期刊：Nanoscale Horiz 9.095
IF=9.095
摘要：创伤后应激障碍（PTSD) 是一种使人衰弱的疾病，在一些人遭受创伤后出现。创伤和 PTSD 与细胞老化加速有关。这项研究评估了创伤和 PTSD 对遭受过创伤人的 GrimAge 的影响，GrimAge 是一种预测寿命表观遗传因子。这项研究包括 218 名目前患有创伤后精神紧张性精神障碍的患者，427 名没有任何创伤后精神障碍病史的创伤暴露对照者，以及 209 名有终生创伤后精神障碍病史但未被归类为目前的创伤后精神障碍病例的受试者。使用 450K 芯片对全血样本进行 DNA 甲基化检测。对 69 例女性受试者的皮质厚度进行评估。用多元回归模型测试创伤暴露、创伤后应激障碍、皮质厚度和 GrimAge 加速之间的关系。研究结果表明，终生创伤负荷、当前创伤后应激障碍和终生创伤后应激障碍与 GrimAge 加速度相关，提示预测寿命较短。终生创伤和创伤后应激障碍可能导致表观遗传学基础上更高的死亡风险，也证实了 PTSD 相关脑区的皮质萎缩与预期寿命缩短之间的关系。
05
标题：Association Between Variation of Circulating 25-OH Vitamin D and Methylation of Secreted Frizzled-Related Protein 2 in Colorectal Cancer
结直肠癌中循环 25-OH 维生素 D 的变化与 SFRP2 甲基化相关
时间：2020/6/9
期刊：Acta Neuropathol Commun 5.883
IF=5.883
平台：850K
摘要：结直肠癌（Colorectal cancer, CRC) 是由结肠细胞在肿瘤转化过程中表观遗传和基因改变积累而成，其中 Wnt 信号通路的激活是 CRC 启动的常见机制。Wnt 通路主要由 Wnt 拮抗剂调控，即分泌卷曲蛋白相关蛋白（SFRP) 家族。事实上，SFRP2 被提出作为 CRC 诊断的非侵入性生物标志物。维生素 D 也拮抗结肠癌细胞中的 Wnt 信号。一些研究表明，维生素 D 能够改变 DNA 甲基化，尽管这种机制尚不清楚。因此，本研究的目的是寻找循环 25-OH 维生素 D(维生素 D 的 30% 作为界限）与 SFRP2 甲基化之间的联系。本研究共纳入 67 例 CRC 患者。这些患者被分为两组根据他们维生素 D 30% 的分位数（20 患者低于 30%,47 患者超过 30%)。作者调查了 SFRP2 甲基化在外周血单核细胞（PBMCs), 内脏脂肪组织，CRC 肿瘤组织，和相邻患肿瘤区域。同时还确定了 SFRP2 甲基化和致癌、致脂基因甲基化之间的关系。测试维生素 D 对人结直肠癌细胞系 116 (HCT116) 中 SFRP2 甲基化的影响，研究了当维生素 D 低于 30% 时与 SFRP2 启动子区甲基化的关系。维生素 D 对 HCT116 细胞系中 SFRP2 的甲基化没有影响。结果表明，较高的循环维生素 D 与低的 SFRP2 启动子甲基化有关。因此，研究结果表明，维生素 D 可能对 DNA 甲基化有表观遗传影响。较高的维生素 D 有助于改善新辅助治疗的反应。
06
标题：DNA Methylation Profiling Demonstrates Superior Diagnostic Classification to RNA-sequencing in a Case of Metastatic Meningioma
在转移性脑膜瘤的病例中，DNA 甲基化谱诊断分类优于表达谱
时间：2020/6/9
期刊：Acta Neuropathol Commun 5.883
IF=5.883
平台：850K
摘要：脑膜瘤是常见的原发性颅内肿瘤，但脑膜瘤转移是罕见的。因此，对转移性脑膜瘤的临床检查、诊断检测和分子分型尚不完全了解。作者报告了一例多发性复发脑膜瘤并发肝转移。作者讨论病人的表现，影像学表现，以及颅内病变和转移病灶的常规组织病理学特征。此外，对来自颅内脑膜瘤的 6 个立体定位引导样本和一次超声引导下的肝转移活检进行 850K 芯片和 RNA 测序。结果表明，基于 DNA 甲基化可区分肝转移瘤和颅内脑膜瘤样本，并确定肝活检肝细胞污染的小焦点。尽管如此，基于 DNA 甲基化的分类准确地确定了肝转移瘤为脑膜瘤。还发现，RNA 测序的聚类结果将肝转移瘤与颅内脑膜瘤样本区分开来，但肝脏转移中的肝细胞特异性基因表达程序混淆了差异基因表达分类。总之，这个病例报告阐明了颅内和转移性脑膜瘤的比较生物学。此外，结果支持基于甲基的分类是诊断转移病灶的一种可靠方法，强调了 DNA 甲基化阵列图谱在诊断病理学中的广泛应用，并对常规使用大量 RNA 测序来鉴别异质性转移病灶中的肿瘤特征提出警示。
07
标题：The Signature of HBV-related Liver Disease in Peripheral Blood Mononuclear Cell DNA Methylation
与 HBV 相关肝病的外周血单核细胞中的 DNA 甲基化特征
时间：2020/6/8
期刊：Clin Epigenetics 5.496
IF=5.496
平台：450K、pyrosequencing
摘要：乙型肝炎病毒（HBV) 相关肝病通过肝免疫和炎症反应引起肝损伤。外周血单核细胞（PBMC) DNA 甲基化与肝病和纤维化进展之间的关系尚不清楚。在这里，作者应用 450K 芯片对 48 例 HBV 相关肝病患者的 PBMC 样本中进行全基因组甲基化谱研究，其中包括 24 例慢性乙型肝炎（CHB)、14 例代偿性肝硬化（LC) 和 10 例失代偿性肝硬化（DLC)。总的来说，有 7888 个差异甲基化 CpG 位点与肝病进展相关。LC 难以诊断，通常介于 CHB 和 DLC 之间。作者使用 LASSO 和 logistic 回归方法来建立 LC 预测模型。在纤维化进展方面，LC 与 CHB 相比有 1705 个位于启动子区的差异甲基化 CpG 位点对应的基因进行 IPA 富集分析。富集结果显示 HBV 相关的肝纤维化进展导致免疫和炎症反应的表观遗传重编程。这些数据支持了 HBV 相关慢性肝病的发展与外周免疫系统中甲基化的广泛改变有关的观点。CpG 甲基化位点作为监测和诊断 LC 的相关生物标志物，为了解 HBV 相关肝纤维化和肝硬化的免疫机制提供了新的见解。
总结
上述分享的文献中，头两篇都是涉及到甲基化的多组学研究，但是涉及到的组学、略有不同，这也证明多组学的研究是非常灵活的。同样这次也分享了一篇有关阿尔兹海默症的 EWAS 研究，一共涉及到 1720 例外周血的样本，同样是基于 850K 芯片做的研究。其中有一篇脑膜瘤肝转移的研究，发现基于 DNA 甲基化数据的分型结果更加，对于肿瘤转移样本的甲基化研究有一定启示。马拉加大学发表的文章‘结直肠癌中循环 25-OH 维生素 D 的变化与 SFRP2 甲基化相关‘这是基于患者的 VD 水平进行分组，展开甲基化的研究，也是不错的思路呢。
文章列表
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