伯豪生物
伯豪生物 | 文献解读:2 月份高分文章赏读!
发布时间:2020-03-09 浏览次数:5997
2020年2月份伯豪客户共发表15项高分研究成果,其中影响因子大于10分的有4篇,平均影响因子7.86,发表在Cancer Cell, Cell Research, Nature Communication , Nucleic Acid Research等。

2020 年 2 月份伯豪客户共发表 15 项高分研究成果,其中影响因子大于 10 分的有 4 篇,平均影响因子 7.86,发表在 Cancer Cell, Cell Research, Nature Communication , Nucleic Acid Research 等。


一、 伯豪生物 RNA 测序产品线

【01】

Caveolin-2 is regulated by BRD4 and contributes to cell growth in pancreatic cancer

BRD4 调控 Caveolin- 2 参与胰腺癌细胞的生长


发表期刊   

Cancer Cell International

影响因子

IF=3.44   中科院杂志分区:3 区

通讯作者所在单位

上海交通大学医学院附属仁济医院肿瘤科

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mRNA 测序


摘要

蛋白质的溴域和末端外域(BET) 家族,尤其是 BRD4,在表观遗传调控中起重要作用,是细胞生存的基础,也是很有前途的抗癌靶点。本研究旨在分析 BRD4 对胰腺癌细胞生长和进展的影响及其新的作用机制。研究发现,BRD4 在胰腺癌中过表达。生物学结果表明,BRD4 在体内外具有促进肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭的作用。进一步,通过 RNA 测序,作者选择了 caveolin- 2 作为 BRD4 的下游基因。caveolin- 2 过表达可部分逆转 BRD4 敲除引起的细胞生长能力下降,但不影响细胞迁移和侵袭。染色质免疫沉淀实验和双荧光素酶报告基因实验表明,BRD4 可与 caveolin- 2 启动子区结合,上调 caveolin- 2 的表达。临床资料进一步表明 BRD4 与 caveolin- 2 表达呈正相关。BRD4(高)/caveolin-2( 高)与胰腺癌患者总生存期较短相关。多因素分析显示 BRD4 和 caveolin- 2 均为独立因素。作者揭示了 BRD4 在胰腺癌中的致癌作用,并阐明了 BRD4 和 caveolin- 2 增强细胞生长的可能机制。通过开发 BET 抑制剂靶向 BRD4-caveolin- 2 相互作用将是胰腺癌的一种治疗策略。


【02】

Direct Phosphorylation and Stabilization of MYC by Aurora B Kinase Promote T-cell Leukemogenesis

Aurora B 激酶通过直接磷酸化来稳定 MYC 促进 T 细胞白血病的发生

 

发表期刊  

Cancer Cell

影响因子  

IF=23.92 中科院杂志分区  1 区

通讯作者所在单位  

武汉大学医学研究院

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RNA 测序


摘要

MYC 的异常调控在急性 T 淋巴细胞白血病(T-ALL) 中起着关键作用,但其异常调控的机制尚不清楚。本文研究人员确定了 Aurora B 蛋白激酶(AURKB) 和 MYC 相互激活的分子机制。AURKB 直接磷酸化 MYC 第 67 位丝氨酸,抑制 Gsk3β 诱导的第 58 位苏氨酸磷酸化和随后 FBXW7 介导的蛋白酶体降解,而稳定的 MYC 与急性 T 淋巴细胞白血病 1(TAL1) 结合,直接激活 AURKB 转录,从而构成一个正反馈调控环路,增强 MYC 的致癌作用。AURKB 抑制剂可显著诱导 MYC 降解并伴随白血病细胞的强烈死亡。该研究揭示了引起 T 细胞白血病发生的 AURKB-MYC 调控环路,并为通过抑制 AURKB 来靶向治疗致癌 MYC 提供了理论基础。

 

 【03】

Oplr16 Serves as a Novel Chromatin Factor to Control Stem Cell Fate by Modulating Pluripotency-Specific Chromosomal Looping and TET2-mediated DNA Demethylation

Oplr16 通过多能特异性染色体环和 TET2 介导的 DNA 去甲基化来调控干细胞的命运



发表期刊   

Nucleic Acids Research

影响因子  

IF=11.15     中科院杂志分区  1 区

通讯作者所在单位  

吉林大学第一医院

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RNA 测序


摘要

多能特异性染色质网络的形成是体细胞重编程为多能性状态的关键。研究人员利用“染色质 RNA 原位逆转录测序”(CRIST-SEQ) 分析了与多潜能主控基因 Oct4 相互作用的 RNA 成分,研究发现了核 lncRNA Oplr16 与重编程的启动密切相关。Oplr16 不仅与 Oct4 的启动子相互作用调节其活性,还在重编程为多能性的过程中被特异性激活,激活表达的 Oplr16 是胚胎干细胞维持多能性所必需的,Oplr16 还能促进成纤维细胞重编程为多能细胞。RNA 逆转录相关的 TRAP 测序(RAT-SEQ) 结果表明,Oplr16 与多个与干细胞自我更新相关的靶基因相互作用。Oplr16 利用其 3’端片段招募染色质因子 SMC1 来协调形成多能特异性染色体内环。在与 Oct4 启动子结合后,Oplr16 招募 TET2 诱导成纤维细胞 DNA 去甲基化并激活 Oct4,增强重编程。这些研究数据表明 Oplr16 作为一个关键的染色质因子可能通过调节染色质结构和 DNA 去甲基化来调控干细胞的命运。

 

 【04】

Dosage Effect of Multiple Genes Accounts for Multisystem Disorder of Myotonic Dystrophy Type 1

多基因的剂量效应是强直性肌营养不良 1 型多系统紊乱的原因


发表期刊    

Cell Research

影响因子

IF=17.85 中科院杂志分区  1 区

通讯作者所在单位  

中国科学院上海生命科学研究院

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生信分析


摘要

强直性肌营养不良 1 型(DM1) 的多系统表现可能是由于 DMPK 中 CTG 重复序列的异常扩增导致多个基因包括 DMPK 及其邻近基因(SIX5 或 DMWD) 和 MBNL1 下游基因剂量减少所致。然而,这缺乏直接证据。本文研究人员通过将带有突变的 DMPK、Six5 和 MBNL1 的单倍体胚胎干细胞注射到小鼠卵母细胞中,建立携带多基因杂合突变的小鼠模型来模拟剂量的减少。这种三重杂合子突变小鼠表现出成年患者发病的 DM1 表型。随着 Dmwd 的附加突变,四重杂合突变小鼠表现出了很多先天性 DM1 的主要表型。此外,两个模型中的肌肉干细胞都表现出干性降低,为筛选治疗 DM1 的小分子提供了一个独特的模型。本文研究结果提示 DM1 的复杂症状是多基因剂量减少的结果。

 

【05】

TfR1 binding with H-ferritin nanocarrier achieves prognostic diagnosis and enhances the therapeutic efficacy in clinical gastric cancer

TfR1 与铁蛋白抗原纳米载体绑定实现了临床上胃癌预后诊断并增强治疗的功效


发表期刊    

Cell Death Dis.

影响因子

IF=5.95 中科院杂志分区  2 区

通讯作者所在单位  

北京大学肿瘤医院和研究所

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RNA 测序


摘要

h - 铁蛋白(HFn) 纳米载体是一种很有前途的肿瘤诊断和治疗的平台,可以通过结合转铁蛋白受体 1 特异性靶向肿瘤细胞。受此启发,我们探索了 TfR1 在 GC 的治疗功能。在 178 例 GC 组织中使用 magneto-HFn nanoparticle-based 免疫组织化学方法评估了 TfR1 的临床显著性意义。HFn-Dox 的治疗效果在 TfR1 表达阳性的  GC-PDX 模型中进行评估。通过体外和体内试验研究了 TfR1 的生物功能。TfR1 在 73.03%GC 组织中表达上调并与病人的预后负相关。TfR1 阴性细胞展示出增强肿瘤形成和迁移 / 入侵,而 TfR1-positive 细胞表现出显著的增殖能力。TfR1 敲除的  GC 细胞也展示出增强细胞入侵的能力。TfR1 缺陷的细胞上调 PD-L1, CXCL9, 与 IFN-γCXCL10 实现免疫逃逸。免疫印迹结果表明 TfR1 敲除的  GC 细胞上调 Akt 和 STAT3 信号。此外,在 TfR1 阳性  GC-PDX 模型,HFn-Dox 组显著地抑制肿瘤的生长,并增加老鼠生存。TfR1 可能是 GC 一个潜在的预后和治疗性生物标志物:(i) TfR1 与病人的预后负相关,其阴性细胞拥有肿瘤侵袭功能;(2)TfR1 阳性细胞可以被 HFn 纳米载体药物杀死。鉴于 GC 的异质性,HFn 药物纳米载体结合其他疗法提供了 TfR1 阴性细胞细胞(如小分子或免疫疗法)治疗的新的选项。


【06】

LncRNA NRAV promotes respiratory syncytial virus (RSV) replication by regulating vesicle transportation via targeting miR-509-3p/Rab5c axis

LncRNA NRAV 通过靶向 miR-509-3p/Rab5c 轴调节囊泡运输并促进 RSV 病毒的复制


 

发表期刊

J Virol

影响因子

4.32   中科院分区   医学 2 区

通讯作者所在单位

河北医科大学

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RNA- Seq


摘要

呼吸道合胞病毒(RSV)是一种包膜 RNA  病毒,约 80% 的儿童下呼吸道感染是收到该病毒的感染。已有证据表明长非编码 RNA(lncRNA)在许多病毒感染性疾病中发挥了作用。然而,尚不清楚 lncRNA 在 RSV 感染中的总体生物学效应和临床作用。在这项研究中,与呼吸道   病毒感染有关的 lncRNAs  是从 lncRNA 数据库中获得的。研究人员收集了 144 个临床痰标本,以鉴定与 RSV 相关的 lncRNA。感染、定量 PCR 检测表明,表达 lncRNA NRAV 在 RSV 阳性患者比未感染的人是显著降低,但 lncRNA PRINS、NEAT1、NEST 体内和体外没有差别,同时,抗病毒反应负调节剂(NRAV)的过表达促进 RSV 在 A549 和 BEAS-2B 细胞中的增殖,反之亦然,这表明 NRAV 的下调是宿主抗病毒防御的一部分。RNA FISH 证实 NRAV 主要位于细胞质中。通过 RNA 测序发现 Rab5c 作为一种囊泡转运蛋白,其变化趋势与 NRAV 相同。随后的研究表明,NRAV 通过吸附 miR-509-3p 间接促进 RSV 产生,从而释放 Rab5c 并促进囊泡运输。该研究为通过非编码 RNA 进行的病毒 - 宿主相互作用提供了新的见解,这可能有助于探索呼吸道病毒的潜在抗病毒靶标。


 【07】

Hyperactive PI3Kδ predisposes naive T cells to activation via aerobic glycolysis programs.

极度活跃的 PI3Kδ 通过有氧糖酵解激活幼稚 T 细胞


发表期刊

Cell Mol Immunol

影响因子

影响因子 8.21,医学  1 区

通讯作者所在单位

重庆医科大学附属儿童医院风湿免疫科

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RNA- Seq


摘要

活化型磷酸肌醇 3 激酶 δ 综合征(APDS)是一种由 PIK3CD 基因的致病性功能获得(GOF)突变引起的常染色体显性遗传性联合免疫缺陷病。APDS 患者 T 细胞稳态异常。然而,PIK3CD GOF 参与这一特征的机制仍不清楚。在这里,我们通过来自中国多个地区的 PIK3CD GOF 突变儿童的队列和一个相应的 CRISPR/Cas9 基因编辑的小鼠模型,报道了高活性 PI3Kδ 通过内在地促进 TNaive 细胞的生长、增殖和活化,破坏了 TNaive 细胞在外周的稳态。结果表明,PIK3CD-GOF 可导致幼稚 T 细胞静止相关基因表达谱丢失,促进幼稚 T 细胞过度生长、过度增殖并获得激活的功能状态。原始 PIK3CD-GOF 细胞在静息或激活状态下表现出糖酵解能力增强和线粒体呼吸减少。阻断糖酵解可消除脾脏 T 细胞池异常,逆转 PIK3CD-GOF 在体内外诱导的过度活化表型。这些结果提示 PIK3CD-GOF 诱导的幼稚 T 细胞过度活化需要增强的有氧糖酵解,为靶向糖酵解治疗 APDS 及其他免疫疾病提供了一种潜在的治疗途径。

 

二、伯豪生物 表达谱芯片产品线

【01】

Liver governs adipose remodelling via extracellular vesicles in response to lipid overload

肝脏通过细胞外囊泡对脂质超载做出反应,从而控制脂肪重构


发表期刊

Nature Communications

影响因子

IF=11.88 中科院杂志分区:1 区

通讯作者所在单位  

南京大学医学院;南京医科大学

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ceRNA 芯片


摘要

脂质超载导致脂质在肝脏、脂肪、肌肉等代谢器官间重新分布;因此,肝脏与其他器官之间的相互作用对维持脂质内环境稳定非常重要。在这里,作者发现肝脏首先对脂质超载做出反应,并以脂肪细胞为目标发送肝源性胞外囊泡(EVs) 来调节脂肪生成和脂肪生成。肝脏中 Geranylgeranyl 二磷酸合酶(Ggpps) 的表达因脂质超载而增强,并通过 Rab27A geranylgerany 调节 EV 的分泌。一致地,肝脏特异性 Ggpps 缺陷小鼠减少了脂肪沉积。非酒精性脂肪肝(NAFLD) 患者血浆中几种 EVs 来源的 miRNAs 的水平与体重指数(BMI) 呈正相关,这些 miRNAs 增强了脂肪细胞的脂质积累。因此,作者强调了肝脏感知不同代谢状态并发出相应信号的器官间机制,以重塑脂肪组织,以适应脂肪超载引起的代谢变化。


【02】

MiR-30c-5p mediates the effects of panax notoginseng saponins in myocardial ischemia reperfusion injury by inhibiting oxidative stress-induced cell damage

MiR-30c-5p 通过抑制氧化应激诱导细胞损伤介导三七总皂甙对心肌缺血再灌注损伤的影响



发表期刊

BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY

影响因子

IF=3.74     中科院杂志分区  2 区

通讯作者所在单位  

浙江大学药物科学学院药物信息学研究所;浙江中医药大学基础医学院

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Agilent Rat miRNA (8*15 K) V16.0


摘要

心肌缺血再灌注(MI/R)损伤是世界范围内严重威胁人类健康的病理过程。近年来,microRNAs(miRNAs)在 MI/ R 损伤发病机制中的作用越来越受到重视。在此,作者对心肌缺血再灌注损伤大鼠的心脏进行了 miRNA 分析,并鉴定出 46 个 miRNA 在心肌缺血再灌注损伤组和对照组之间的差异表达。作者特别关注其中一个变化显著的 miRNA miR-30c-5p,证明了它在 tBHP 处理的 H9c2 细胞中对心肌细胞损伤的保护作用。miR-30c-5p 的过表达增加了 tBHP 刺激后心肌细胞的存活率,降低了 LDH 的释放,减少了心肌细胞的凋亡,同时下调了 p53 的表达。值得注意的是,三七总皂甙(PNS)治疗人 MI/ R 损伤后,miR-30c-5p 水平明显升高,具有显著的临床疗效。此外,miR-30c-5p 抑制剂足以阻断 PNS 及其活性成分人参皂苷 Re 对 tBHP 诱导的心肌细胞损伤的保护作用。PNS 处理的细胞中 p53 蛋白的表达也降低。综上所述,研究者们确定了心肌梗死 / 再灌注损伤的新 miRNA,揭示了 MI R-30c-5p 在心肌梗死 / 再灌注后心肌细胞损伤和凋亡中的关键作用,并阐明了 miR-30c-5p 依赖于 PNS 的治疗机制。今后的研究有必要探讨 MI R-30c-5p 和其他多种 miRNA 在 MI/ R 损伤的发病机制和治疗中的内源性意义。


 【03】

Long noncoding RNA MRPL23-AS1 Promotes Adenoid Cystic Carcinoma Lung Metastasis

长链非编码 RNA MRPL23-AS1 促进腺样囊性癌肺转移


发表期刊   

Cancer Res. 

影响因子

影响因子  8.37 中科院分区  1 区

通讯作者所在单位  

北京大学附属口腔医院中心实验室

伯豪生物提供的产品或服务  

Agilent Human lncRNA 4x180K


摘要

肺转移是影响腺样囊性癌患者长期生存的一个主要因素。在这里,我们表明,唾腺样囊性癌(SACC) 患者长链非编码 RNA (lncRNA) MRPL23 反义 RNA 1 (MRPL23-AS1) 高度表达与肺转移和整体生存相关。MRPL23-AS1 与 EZH2 形成一个 RNA 蛋白复合体正向调控 epithelial-mesenchymal 转变。MRPL23-AS1 在  E-cadherin 启动子区域提高了 EZH2 和 H3K27me3 的绑定。此外,SACC 患者的血浆中分离的外泌体中 MRPL23-AS1 水平升高。MRPL23-AS1 富集的外泌体提高了微血管通透性,促进体内 SACC 的转移。总的来说,这些发现展示了 SACC 肺转移的分子机制。MRPL23-AS1 可能作为临床干预来控制这种棘手的疾病的生物标志物和靶点。


三、伯豪生物蛋白 & 代谢产品线

【01】

ITRAQ-based quantitative proteomics reveals the first proteome profiles of piglets infected with porcine circovirus type 3

1-s2


发表期刊  

J Proteomics

影响因子

影响因子  3.54 中科院分区  2 区

通讯作者所在单位  

北京市农林科学院畜牧兽医研究所

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iTRQA-label LC-MS/MS


摘要

猪环状病毒 3 型(PCV3)感染导致猪皮炎和肾病综合征、繁殖失败、以及仔猪和母猪的多系统炎症损伤。为了更好地了解宿主对 PCV3 感染的反应,我们采用相对和 jué对定量(iTRAQ)等压标记结合 LC-MS/MS 技术,对 PCV3 感染 4 周后无病原仔猪肺内差异调节的细胞蛋白进行了定量测定。在 PCV3 感染组与对照组中,三次独立质谱共检测到 3429 个蛋白,其中 242 个差异性细胞蛋白被显著调控,PCV3 感染组比对照组上调 100 个蛋白,下调 142 个蛋白。生物信息学分析表明,这些高丰度或低丰度蛋白质主要涉及代谢过程、先天免疫应答、MHC- I 和 MHC-II 组分以及吞噬体途径。通过实时 RT-PCR 技术筛选出 10 个编码差异调节蛋白的基因。免疫印迹和免疫组化进一步证实了 6 种代表性蛋白 OAS1、Mx1、ISG15、IFIT3、SOD2 和 HSP60 的表达水平。本研究尝试利用 iTRAQ 技术研究 PCV3 感染仔猪的蛋白质谱,为更好地了解猪 PCV3 感染宿主反应的机制提供了有价值的信息。意义:我们的研究鉴定了与 PCV3 感染仔猪肺部多种潜在信号通路相关的差异丰富的蛋白质。这些发现为更好地了解宿主对 PCV3 感染的反应机制提供了有价值的信息。


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