来自牛津大学 Simmons 和 Koohy 教授团队通过 单细胞测序联合空间转录组技术 来研究肠道发育过程中形态的变化。研究对来自 17 例胚胎的 77 个样本进行了 单细胞 RNA 测序 （使用寡核苷酸标记抗体的多重混样技术）以及对来自 5 个样本的 8 张切片进行了 空间转录组测序 。通过一系列的生物信息学分析方法，包括细胞间通讯网络构建，SCENIC 转录因子模块分析，拟时序分析，RNA 速率分析，基因功能富集分析等，共鉴定了 101 种细胞类型，包括上皮细胞和间充质祖细胞群和与关键形态发生的重要程序。作者描述了隐窝 - 绒毛轴形成的原理，发育中的肠道的神经、血管、间充质形态发生和免疫群体。确定了发育中的成纤维细胞和肌成纤维细胞亚型的分化层次，并描述了它们的不同功能，包括作为血管生态位细胞的功能。作者确定了 Peyer’s patches 和 gut-associated lymphoid tissue (GALT) 的起源，并描述了位置特异性免疫程序。提出了一个无偏倚的分析形态梯度，可以用来指引连续的细胞分化、定义细胞、以及罕见的发育性肠道疾病相关的位置区域。此外，作者还编制了一个公开的胎儿肠道在时间和空间层面发育（STAR-FINDer) 的在线数据库，以促进进一步的工作。
图 研究路线图
空间转录组学技术 的优势：知道转录本的位置，不能获得详细的细胞类群信息。
单细胞 RNA 测序技术 的优势：可以将每个转录本与单个细胞联系起来，但是关于这些转录本在组织中的位置的信息丢失了。
单细胞测序 + 空间转录组测序 ：优势互补，同时获得细胞类型群体，以及基因表达和细胞的空间位置信息。
参考文献：
Fawkner-Corbett D, Antanaviciute A, Parikh K, et al. Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution[J]. Cell.
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