文章展示
七月份单细胞测序相关文献共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息，接下来先看看其中 5 篇。
【标题】单细胞 RNA-Seq 揭示了小儿室管膜瘤的细胞层次和受损的发育轨迹
【平台】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【时间】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中枢神经系统肿瘤的异质实体，具有成熟的分子群。在这里，研究者应用 scRNA-seq 来分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤内异质性和发育起源。室管膜瘤由从未分化的群体开始的细胞层级组成，其向神经元 - 神经胶质命运决定分化的三个谱系受损。尽管对室管膜瘤的预后有利的群主要包含分化的细胞，侵袭性的群中未分化的细胞群是丰富的。所描绘的转录组特征与患者的存活率相关，并确定靶向治疗方法的分子依赖性。综上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潜在的与生物学和临床行为相关的发育层级。
【标题】人鳞状细胞癌成分和空间结构的多模态分析
【平台】10X（基因表达和空间转录组）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-07-23
【摘要】为了确定皮肤鳞状细胞癌（CSCC) 的细胞组成和结构，研究者将单细胞 RNA 测序与空间转录和来自一系列人类 cSCC 和配对正常皮肤的多重离子束成像相结合。CSCC 有四个肿瘤亚群，三个涵盖了正常表皮状态，以及一个肿瘤特异性角质形成细胞（TSK) 群体，后者定位于纤维血管微环境中。单细胞和空间数据的整合将配体 - 受体网络映射到特定的细胞类型，揭示了 TSK 细胞是细胞间通信的枢纽。观察到潜在的免疫抑制的多种特征，包括 T 调节细胞（Treg) 与 CD8T 细胞在分隔的肿瘤间质中的共定位。人类肿瘤移植的单细胞鉴定和体内 CRISPR 筛查确定了特定的肿瘤亚群富集基因网络在肿瘤发生中的重要作用。这些数据定义了 CSCC 肿瘤和间质细胞亚群，它们相互作用的空间区位，以及它们参与癌症的通讯基因网络。
【标题】自我报告的转座子可以同时读出单个细胞中的基因表达和转录因子结合。
【平台】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-07-24
【摘要】细胞异质性混淆了转录因子（TF) 结合的原位检测。单细胞 RNA 测序（scRNA-seq) 将细胞类型从基因表达中去卷积，但没有技术将细胞身份与这些细胞类型中的 TF 结合位点（TFBS) 联系起来。我们提出了自我报告转座子（SRT)，并将其用于单细胞名片（SCCC)，这是一种在单细胞中同时测量基因表达和定位 TFBS 的新方法。从 mRNA 中恢复 SRT 的基因组位置，通过外源 TF- 转座酶融合沉积的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射来自 scRNA-seq 文库的 SRT，同时识别这些相同细胞中的细胞类型和 TFBS。研究者使用此技术对多个 TF 进行基准测试。使用 SCCC 在 K562 细胞中发现 BRD4 介导的细胞状态转换。研究者在单细胞分辨率下定位了小鼠皮层中的 BRD4 结合位点，建立了一种原位研究 TF 生物学的新方法。
【标题】单细胞转录组谱分析揭示中性粒细胞在稳态和感染中的异质性
【平台】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【时间】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒细胞异质性和分化情况仍然不完整。本文里，研究者使用单细胞 RNA 测序分析了超过 25,000 个分化的和成熟的小鼠嗜中性粒细胞，以提供嗜中性粒细胞在其稳态和细菌感染过程中的成熟，功能和命运决定的全面转录情况。通过不同的分子特征定义了八个嗜中性粒细胞群。三个成熟的外周血中性粒细胞亚群来自不同的成熟骨髓中性粒细胞亚群。在已知和未表征的转录因子的驱动下，嗜中性粒细胞在穿越转录环境时逐渐获得杀菌能力，这代表了对有效但平衡的嗜中性粒细胞应答进行精细调节的进化机制。细菌感染可重编程中性粒细胞种群的遗传结构，改变亚种群和原始中性粒细胞之间的动态过渡，以增强功能，而不会影响整体异质性。总之，这些数据建立了一个参考模型和总体框架，以单细胞分辨率研究嗜中性粒细胞相关疾病的机制，生物标志物和治疗靶标。
【标题】单细胞分辨率下拉伸介导的皮肤扩张机制
【平台】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-07-29
【摘要】皮肤对拉伸的反应能力已经在重建手术中得到了利用。尽管表皮细胞对拉伸的反应已经在离体中进行了研究，但尚不清楚机械力如何影响它们在体内的行为。本文里，研究者开发了一个小鼠模型，在这个模型中，伸展对皮肤表皮的影响可以在单细胞分辨率下进行研究。使用克隆分析、定量建模和单细胞 RNA 测序相结合的多学科方法，表明了拉伸通过在表皮干细胞的更新活动中产生瞬时偏差来诱导皮肤扩张，而第二亚群的基底干细胞仍然致力于分化。转录和染色质图谱确定了细胞状态和基因调控网络是如何通过伸展来调节的。利用药理抑制剂和小鼠突变体，研究者定义了在体内以单细胞分辨率控制拉伸介导的组织扩张的逐步机制。
文章列表
综上所述，该研究初次从单细胞水平详细探讨了肠道样本中不同免疫细胞因免疫治疗引起变化的机制，发现了毒性 CD8+ T 细胞，增殖 CD8+ T 细胞以及 CD4+ Treg 细胞在 +CPI colitis 样本中的富集，并且基于 TCR 序列信息验证了 +CPI colitis 特异性以及 CD8+ T 细胞大部分来源于 CD8+ Trm 细胞，通过对不同细胞因子的分析识别出了潜在的因免疫检测点阻断诱发的肠炎或其他 irAEs 的治疗靶点。
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七月份单细胞测序相关文献共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息，接下来先看看其中 5 篇。
【标题】单细胞 RNA-Seq 揭示了小儿室管膜瘤的细胞层次和受损的发育轨迹
【平台】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【时间】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中枢神经系统肿瘤的异质实体，具有成熟的分子群。在这里，研究者应用 scRNA-seq 来分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤内异质性和发育起源。室管膜瘤由从未分化的群体开始的细胞层级组成，其向神经元 - 神经胶质命运决定分化的三个谱系受损。尽管对室管膜瘤的预后有利的群主要包含分化的细胞，侵袭性的群中未分化的细胞群是丰富的。所描绘的转录组特征与患者的存活率相关，并确定靶向治疗方法的分子依赖性。综上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潜在的与生物学和临床行为相关的发育层级。
【标题】人鳞状细胞癌成分和空间结构的多模态分析
【平台】10X（基因表达和空间转录组）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-07-23
【摘要】为了确定皮肤鳞状细胞癌（CSCC) 的细胞组成和结构，研究者将单细胞 RNA 测序与空间转录和来自一系列人类 cSCC 和配对正常皮肤的多重离子束成像相结合。CSCC 有四个肿瘤亚群，三个涵盖了正常表皮状态，以及一个肿瘤特异性角质形成细胞（TSK) 群体，后者定位于纤维血管微环境中。单细胞和空间数据的整合将配体 - 受体网络映射到特定的细胞类型，揭示了 TSK 细胞是细胞间通信的枢纽。观察到潜在的免疫抑制的多种特征，包括 T 调节细胞（Treg) 与 CD8T 细胞在分隔的肿瘤间质中的共定位。人类肿瘤移植的单细胞鉴定和体内 CRISPR 筛查确定了特定的肿瘤亚群富集基因网络在肿瘤发生中的重要作用。这些数据定义了 CSCC 肿瘤和间质细胞亚群，它们相互作用的空间区位，以及它们参与癌症的通讯基因网络。
【标题】自我报告的转座子可以同时读出单个细胞中的基因表达和转录因子结合。
【平台】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-07-24
【摘要】细胞异质性混淆了转录因子（TF) 结合的原位检测。单细胞 RNA 测序（scRNA-seq) 将细胞类型从基因表达中去卷积，但没有技术将细胞身份与这些细胞类型中的 TF 结合位点（TFBS) 联系起来。我们提出了自我报告转座子（SRT)，并将其用于单细胞名片（SCCC)，这是一种在单细胞中同时测量基因表达和定位 TFBS 的新方法。从 mRNA 中恢复 SRT 的基因组位置，通过外源 TF- 转座酶融合沉积的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射来自 scRNA-seq 文库的 SRT，同时识别这些相同细胞中的细胞类型和 TFBS。研究者使用此技术对多个 TF 进行基准测试。使用 SCCC 在 K562 细胞中发现 BRD4 介导的细胞状态转换。研究者在单细胞分辨率下定位了小鼠皮层中的 BRD4 结合位点，建立了一种原位研究 TF 生物学的新方法。
【标题】单细胞转录组谱分析揭示中性粒细胞在稳态和感染中的异质性
【平台】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【时间】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒细胞异质性和分化情况仍然不完整。本文里，研究者使用单细胞 RNA 测序分析了超过 25,000 个分化的和成熟的小鼠嗜中性粒细胞，以提供嗜中性粒细胞在其稳态和细菌感染过程中的成熟，功能和命运决定的全面转录情况。通过不同的分子特征定义了八个嗜中性粒细胞群。三个成熟的外周血中性粒细胞亚群来自不同的成熟骨髓中性粒细胞亚群。在已知和未表征的转录因子的驱动下，嗜中性粒细胞在穿越转录环境时逐渐获得杀菌能力，这代表了对有效但平衡的嗜中性粒细胞应答进行精细调节的进化机制。细菌感染可重编程中性粒细胞种群的遗传结构，改变亚种群和原始中性粒细胞之间的动态过渡，以增强功能，而不会影响整体异质性。总之，这些数据建立了一个参考模型和总体框架，以单细胞分辨率研究嗜中性粒细胞相关疾病的机制，生物标志物和治疗靶标。
【标题】单细胞分辨率下拉伸介导的皮肤扩张机制
【平台】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-07-29
【摘要】皮肤对拉伸的反应能力已经在重建手术中得到了利用。尽管表皮细胞对拉伸的反应已经在离体中进行了研究，但尚不清楚机械力如何影响它们在体内的行为。本文里，研究者开发了一个小鼠模型，在这个模型中，伸展对皮肤表皮的影响可以在单细胞分辨率下进行研究。使用克隆分析、定量建模和单细胞 RNA 测序相结合的多学科方法，表明了拉伸通过在表皮干细胞的更新活动中产生瞬时偏差来诱导皮肤扩张，而第二亚群的基底干细胞仍然致力于分化。转录和染色质图谱确定了细胞状态和基因调控网络是如何通过伸展来调节的。利用药理抑制剂和小鼠突变体，研究者定义了在体内以单细胞分辨率控制拉伸介导的组织扩张的逐步机制。
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综上所述，该研究初次从单细胞水平详细探讨了肠道样本中不同免疫细胞因免疫治疗引起变化的机制，发现了毒性 CD8+ T 细胞，增殖 CD8+ T 细胞以及 CD4+ Treg 细胞在 +CPI colitis 样本中的富集，并且基于 TCR 序列信息验证了 +CPI colitis 特异性以及 CD8+ T 细胞大部分来源于 CD8+ Trm 细胞，通过对不同细胞因子的分析识别出了潜在的因免疫检测点阻断诱发的肠炎或其他 irAEs 的治疗靶点。
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