DNA 甲基化（DNA methylation) 是目前研究得清楚、也是重要的表观遗传修饰形式，主要是基因组 DNA 上的胞嘧啶第 5 位碳原子和甲基间的共价结合，胞嘧啶由此被修饰为 5 甲基胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC)。别看这只是一个小小的改变，它所起到的作用却是巨大的！有些科学家甚至将 DNA 甲基化叫做“第五种碱基”！
DNA 甲基化研究技术目前接受度高的检测方法都是基于亚硫酸氢盐转化，经历了科学的检验，目前接受度高的检测方法基本都是基于亚硫酸氢盐转化，可达到单碱基的分辨率。伯豪自 2008 年开始提供 DNA 甲基化检测技术，目前已搭建芯片和高通量测序平台、包括中低通量验证的 DNA 甲基化检测平台。
但这么多方法，我们到底应该怎样根据自己的实验设计选择合适的 DNA 甲基化研究技术呢。下面小编就带大家一起来深入扒一扒；
有 3 个要点：
1. 首先明确研究对象，也就是研究物种；
2. 样本 DNA 得率有多少？；
3. 结合研究目的（这一点就较为个性化）。
结合下面思维导图，问出这 3 个问题，我们就能很快选出合适自己研究的技术啦~
其实做之前我们只需要问自己上面 3 个问题，就基本可以确定该选择哪个技术啦。上述的 4 项高通量筛选技术，都有各自的技术限制，比如 850K 芯片只能做人，甲基化捕获测序则弥补了 850K 芯片只能做人的缺陷，可以做大小鼠，所以一般做药物研究，需要用大小鼠做模型的客户，我们都推荐是使用甲基化捕获测来研究。其次 cfDNA、单细胞样本中提取的 DNA 量通常都很低，普通的 DNA 甲基化研究技术都无法完成，因为经亚硫氢盐转化后，会造成 DNA 的损耗。伯豪新推出的单细胞全基因组甲基化测序技术，适用于超微量 DNA 甲基化研究。下表是各研究技术的具体参数。
相信到这里，各位老师，应该清楚该怎么选择合适的 DNA 甲基化研究技术了。其实目前单一组学上的研究，已经不香了，想要研究更上一层楼，通常需要再加上转录组学，做联合分析，甚至做多组学的研究。伯豪目前也推出了联合分析的促销方案，助力各位老师的科学研究。
结合多组学联合方案
伯豪现已协助多位老师，完成了 DNA 甲基化与转录组数据的联合分析，部分文章已见刊。下面是非常典型的一篇文章。
影响因子
IF=5.515
杂志中科院分区
中科院杂志分区 2 区
通讯作者所在单位
北京天坛医院神经外科
伯豪公司提供的产品或服务
Illumina Infinium MethylationEPIC 850K BeadChip
SBC human ceRNA array V1.0 (4×180 K)
肿瘤再生是临床无功能垂体腺瘤（NFPA) 的一个重要特征。目前尚无适用于术后患者的预后评估方法。作者旨在发现 DNA 甲基化生物标志物用于预后评估。对 71 例 NFPA 患者的肿瘤样本进行了 DNA 甲基化芯片和基因表达谱分析。对比再生组和非再生组确定差异表达基因和差异甲基化基因。发现 13 个基因的 DNA 甲基化与基因表达负相关。通过无进展生存分析发现，FAM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 与肿瘤再生有关。基于 13 个基因建立预后预测模型，6 个基因模型的 AUC 值高 0.820。通过焦磷酸测序和 RT-PCR 对预后生物标志物进行验证。单变量 Cox 回归发现 FAM90A1 和 ING2 是肿瘤再生长的独立预后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表达水平与肿瘤的再生有关，可以作为预测 NFPA 患者预后的生物标志物。
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