Visium HD 开启了空间探索的新时代，它通过单细胞水平的分辨率增强了成熟的全转录组空间分析，实现了连续的组织覆盖，并通过基于探针的创新化学方法和基于 Visium CytAssist 的工作流程带来了一流的数据。
无偏好性的单细胞分辨率
此次发布的 VisiumHD 芯片摒弃了以大直径 55um 的 spot 设计，而是采用 2 *2um 的正方形当做基础分析单位，芯片中间没有空隙。真正的能够做到无间隙，无偏好性的单细胞分辨率水平的空间转录组。目前 HD 芯片发布捕获框大小是 6.5*6.5mm 的规格，可检测物种是人和小鼠，兼容石蜡样本。
▲Visium HD 空间基因表达玻片包含两个 6.5 x 6.5 mm 的捕获区
▲Visium HD 空间基因表达玻片的捕获区含有约 1100 万个 2 x 2 µm 连续区块，实现单细胞水平的空间分辨率。
Visium  | Visium HD  |
搭载 Visium CytAssist 获得最好的数据
Visium HD 将强大的全转录组空间基因表达与单细胞尺度分辨率结合起来，来发现每一微米组织中独特的生物学特性。同时启用 CytAssist 仪器，让样本在简单的运行工作流中获得最好的数据。
▲全转录组、单细胞分辨率、连续覆盖
▲通过 Visium CytAssist 实现精准的转录本定位
▲通过高分辨率的空间转录组学来增强 H & E 或 IF 成像后的样本。
▲从 FFPE 组织块或载玻片上的组织切片中获得强大的数据
▲兼容 H & E 染色以及 IF 染色 Visium HD 空间基因表达兼容 H &E 染色以及 IF 染色。
（可在同一组织切片上进行高分辨率空间转录组学数据分析）
Visium HD 芯片与基础芯片技术比较
| 芯片型号 | Visium | Visium CytAssist | Visium HD |
| 分辨率 | 直径 55um | 直径 55um | 2*2um, 全组织覆盖 |
| 检测范围 | mRNA | mRNA | mRNA |
| 物种 | 全物种 | 人 / 小鼠 | 人 / 小鼠 |
| 组织兼容性 | FF | FF/FFPE | FFPE(后面应该会加入 FF) |
| 捕获原理 | polyA 尾捕获 | 探针法捕获 | 探针法捕获 |
| 芯片大小 | 6.5 mm× 6.5 mm | 6.5 mm × 6.5 mm 11 mm × 11 mm | 6.5 mm× 6.5 mm |
每微米都蕴藏着无限的探索潜力
这份 FFPE 人类乳腺导管原位癌样本的 Visium HD 分析构建了 一张无偏的全转录组图谱，并鉴定出肿瘤微环境中的主要 细胞类型和状态。
H&E 染色结果  | Visium HD 基因表达数据  |
▲自信地绘制血管等小型生物结构中细胞类型的空间排布。
| 带有癌症区域（黄色）和免疫富集区域 （青色）的病理学注释的 H & E 染色结果  | Visium HD 基因表达数据  |
▲定位组织驻留细胞群，包括免疫细胞或癌细胞，以发现它们的相互作用以及对疾病或治疗应答的贡献。
直观的数据探索加速科学发现
Visium HD 数据是以 2 µm 以及多种拼接尺寸输出的。上图中的数据是在 8 µm 下可视化的。
- 利用 Space Ranger 的一组分析流程来处理 Visium HD 空间 基因表达数据以及明场和荧光显微镜图像。
- 利用 Loupe Browser 对数据进行可视化和探索。
- 利用不断扩大的第三方开发的 R 和 Python 工具生态系统继续对 Visium HD 数据进行分析。
数据分析：Space Ranger & Loupe Browser
Visium HD 具备一体化的数据分析模式，使用 Space Ranger，可自动将空间基因表达信息叠加在组织图像上，将原始 fastQ 数据经过质控，比对，定量等步骤后转为 gene 表达矩阵，供分析人员进行二级分析。还可以使用 Loupe Browser 进一步可视化和探索 Visium HD 的数据，同时兼容 R 和 Python 开发的生态系统继续分析 Visium HD 数据。
