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FFPE 空间转录组

一、技术介绍

空间转录组技术不仅可以提供研究对象的转录组等数据信息,同时还能定位其在组织中的空间位置,对癌症发病机制、神经科学、发育生物学等众多领域的研究来说都具有重要意义。目前该技术主要适用于新鲜冷冻组织样本,临床通常使用的 FFPE(福尔马林固定石蜡包埋)样本资源无法得到更加高效的应用。目前针对 FFPE 样本的空间基因表达解决方案,可以从 FFPE 样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的空间表达信息。


二、技术优势

1、打破对新鲜冰冻样本的局限性,使临床上大量的 FFPE 样本得到充分利用;

2、RNA 模板连接(RTL) 探针集,具有高敏感性和特异性,且探针集覆盖了人和小鼠超过 18000 个基因;

3、可以结合更广泛的病理信息和预后信息,筛选生物标记物、进行回顾性和纵向研究,揭示更广泛更深入的生物学问题。


三、Visium FFPE 实验流程

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四、样本要求

1、满足组织贴片实验(不脱片);

2、RNA 完整性:DV200>50%。


五、数据分析

通过生物信息分析直观地展示 spot 分群和 spot 亚群在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。此外,还提供高级分析、个性化分析等丰富的分析内容,包括单细胞数据与空转数据的联合分析等。

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图 基于 spot 的 cluster 分类(t-sne 图)和 cluster 在切片上的分布


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图 海马 marker HCPA 基因在切片上的表达分布(红色区域表达量高)


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图 根据病理信息选择特定区域进行分析(或者多个区域进行比较分析)


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图 不同细胞类群映射到切片上的结果


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