Demo 结果
Demo 结果解读
从 IPA 的 pathway 富集结果中不仅可以看到 pathway 的富集显著性,并且可以得到 pathway 的激活抑制的信息。
IPA—Canonical pathways analysis 介绍
通过 IPA 的 Ingenuity? Knowledge Base 数据库,进行 Fisher 精确检验得到具有显著性意义的 pathway。运用客户特定的实验结果来计算每个 pathway 的 z -score 值预测 pathway 激活或者抑制。
分析要求
差异 mRNA 或者关注的 mRNA 基因集;
物种限于人,大鼠,小鼠;
每个基因有对应的差异倍数。
提供结果
图片格式:pathway 柱状图;
文本格式:pathway 的富集结果。
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