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IPA—Canonical pathways analysis

Demo 结果

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Demo 结果解读

从 IPA 的 pathway 富集结果中不仅可以看到 pathway 的富集显著性,并且可以得到 pathway 的激活抑制的信息。

IPA—Canonical pathways analysis 介绍

通过 IPA 的 Ingenuity? Knowledge Base 数据库,进行 Fisher 精确检验得到具有显著性意义的 pathway。运用客户特定的实验结果来计算每个 pathway 的 z -score 值预测 pathway 激活或者抑制。

分析要求

差异 mRNA 或者关注的 mRNA 基因集;

物种限于人,大鼠,小鼠;

每个基因有对应的差异倍数。

提供结果

图片格式:pathway 柱状图;

文本格式:pathway 的富集结果。

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