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甲基化捕获测序(MC-seq)

技术简介

SureSelectXT 甲基化靶向序列捕获平台(Methyl-Seq) 是安捷伦公司推出的全面的甲基化发现系统。该平台为甲基化基因组区域研究提供了具有单碱基分辨率的高度可靠且高效的方法。现有目录化产品包括人、小鼠和大鼠甲基化测序设计。该产品相比常见的甲基化检测平台具有独到的优势。

通过检测单独的 CpG 可独具特色地提供比甲基化芯片更多的信息,相比全基因组重亚硫酸盐测序,可提高通量并降低成本。可发现限制性内切酶及免疫沉淀所不能检测的甲基化区域。

技术原理

甲基化捕获测序技术原理

技术应用

广泛应用于大小鼠的药物模型,干细胞研究、肿瘤和其他复杂疾病研究,特别适用于大小鼠物种的全表观基因组的标志物发现和机制探寻。

伯豪优势

作为 Agilent 公司的认证服务商,伯豪采用稳定的 SureSelect 捕获系统进行甲基化捕获;

具有丰富的表观功能机制和生物标志物筛选研究经验,帮助客户发表多篇高分文章;

专业报告解读系统,对科研应用支持良好。

样本要求

样品类型:人、小鼠和大鼠;

样品纯度:OD 260/280 值应在 1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净;

样品浓度:使用 Qubit 准确定量 DNA 浓度;

样品总量:每个样品 DNA 起始总量不少于 1ug。

数据分析

甲基化捕获测序数据分析例图 1

甲基化捕获测序数据分析例图 2

案例展示

案例:《Nature》主刊报道胚胎模型的甲基化研究

研究背景

2i 是 Mek1/2 和 Gsk3β 的抑制剂,L 是白血病抑制因子,S/L 是血清和白血病抑制因子,2i/L 的短期处理可以将小鼠胚胎干细胞(ES)诱导为与着床前胚胎内细胞团(ICM)相似的状态。同时延长 2i/L 处理时间,可导致小鼠 ES 细胞中一系列不可逆的表观遗传和基因组变化,并损害其发育潜力,而这一影响是由长时间抑制 Mek1/2 引发的。

研究思路

《Nature》主刊报道胚胎模型的甲基化研究

研究结果

结果表明,2i/L ES 细胞的衍生可导致 DNA 甲基化的广泛降低,包括配子来源的甲基化。这些胚胎干细胞在胚胎和胎盘发育过程中表现出损伤,说明了 2i/ L 建立的胚胎干细胞在多能干细胞质量方面的局限性。作者的发现对于理解人类幼稚型多能干细胞在治疗应用和疾病建模方面的具有重要意义,因为在这些细胞中往往丢失印记和卵母细胞来源的甲基化记忆。作者还发现,早期传代的雌性 a2i/L ES 细胞和 t2i/L ES 细胞保留了配子来源的 DNA 甲基化和自主发育潜能。作者认为这些胚胎干细胞可以作为另一种细胞培养平台,用于早期胚胎发生的生物学研究。

参考文献

Yagi M, Kishigami S, Tanaka A, et al. Derivation of ground-state female ES cells maintaining gamete-derived DNA methylation[J].Nature, 2017, 548(7666): 224.

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