伯豪生物
甲基化 DNA 免疫共沉淀测序(MeDIP-seq)

技术简介

MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即甲基化 DNA 免疫共沉淀测序。先用 5′- 甲基胞嘧啶抗体富集胞嘧啶甲基化的基因组片断,然后对富集的片段进行高通量测序。该方法检测范围覆盖全基因组,所需测序数据量较少,但不能在单碱基分辨率水平上检测 DNA 胞嘧啶甲基化状态。

技术原理

甲基化 DNA 免疫共沉淀测序技术原理

伯豪优势

建库质量高,失败率极低,每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。

质控过程全程可溯,实时跟踪,反馈及时,确保数据真实可靠。

基础分析丰富,展示形式可个性化定制。

高级分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;根据客户的需求,提供多种个性化的实现方案。

样本要求

样品要求(基因组 DNA)

样品纯度:OD 260/280 值应在 1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净。

样品浓度:最低浓度不低于 50ng/ul。

样品总量:每个样品总量不少于 1ug。

样品溶剂:溶解在 H20 或 TE (pH 8.0) 中。

样品运输:DNA 低温运输(-20℃);且在运输过程中请用 parafilm 将管口密封好,以防出现污染。

数据分析

MeDIP-seq 基础分析与高级分析

MeDIP-seq 分析图

MeDIP-seq 分析伯豪生物客户案例图

案例展示

案例一:18β- 甘草次酸通过甲基化调控 TLR2 信号通路抑制线粒体能量代谢和胃癌发生。

研究背景

胃癌是最常见的恶性肿瘤之一,来自国际癌症控制联盟(UICC) 的统计数据显示,2012 年全球发生了 95.1 万例新病例和 72.3 万例胃癌死亡,占所有恶性肿瘤的发生率和死亡率的第 4 位和第 3 位。中国癌症登记报告显示,2013 年胃癌新发病例约 42.7 万例,死亡 301 万例,估计 2015 年胃癌发病率和死亡率仅次于肺癌。胃癌已成为严重的公共卫生问题;因此,以降低胃癌的发生率的胃癌的早期干预和化学预防治疗探讨势在必行。18β- 甘草次酸(GRA)是存在于甘草根部的一种天然酚类物质。已有过相关报道,GRA 具有抗炎、抗肿瘤等药理作用。虽然各种基因和通路,如典型的 Wnt PGE2-EP2,活性氧(ROS) / PKC-α/ ERK 途径,都被证明是 GRA 潜在靶点,但由 GRA 调控的分子机制还未被了解透彻。

研究思路

18β 甘草次酸与胃癌研究思路

研究结果

通过分析胃癌小鼠模型 GRA 治疗前后的整个转录组基因表达的变化,并与甲基化的变化进行关联。最后发现 GRA 预处理可下调 TLR2 信号通路,TLR2 的过表达会促进线粒体能量代谢,ROS 生成、GC 细胞增殖和胃癌发生,证明 GRA 是一种有前途的胃癌预处理和治疗药物。

参考文献

Cao D, Wu Y, Jia Z, et al. 18β-glycyrrhetinic acid inhibited mitochondrial energy metabolism and gastric carcinogenesis through methylation regulated TLR2 signaling pathway[J]. Carcinogenesis.

案例二:伯豪客户发现高盐饮食可通过调控甲基化促进系统性红斑狼疮的进程

研究背景

系统性红斑狼疮(SLE) 是一种多系统的自身免疫性疾病,主要影响女性(男女比例为 9 比 1)。SLE 的特征是患者的循环血液中存在多种自身抗体,以及自身反应性 T 淋巴细胞和 B 淋巴细胞。虽然 SLE 的直接病因尚未明确,但许多因素被认为是导致 SLE 免疫失调的原因,包括遗传易感性、激素和环境因素。系统性红斑狼疮的发生是由于遗传易感性的个体遇到某些可变的环境诱因,可能包括饮食、毒素、运动等。最近发现,通过诱导致病性 Th17 细胞,增加盐(氯化钠,NaCl) 的摄取可促进实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)。NaCl 的这种作用是通过激活 MAPK/p30 通路实现。先前的研究表明,过量的 NaCl 摄取会影响先天免疫系统,主要导致巨噬细胞活化状态的改变,甚至可能影响调节性 T 细胞的抑制能力。因此,本研究的目的之一是研究 NaCl 是否也影响其他免疫细胞,并促进 SLE 的发展。

研究思路

伯豪客户发文研究思路

研究结果

高盐饮食加速了狼疮易发(MRL/lpr) 小鼠的狼疮样症状。然而,高盐饮食对 Balb/ c 和 MRL/mpj 小鼠的影响并不明显。NaCl 处理的 CD4+ T 细胞表现出 DNA 低甲基化和 DNA 羟甲基化增加,这可能与羟转移酶 TET2 和 TET3 水平升高有关。加入 NaCl 后,TET2 在 spn 和 stat5b 上富集。沉默 TET2 可降低 spn 基因表达,抑制 Tfh 细胞分化。我们的研究首次阐明了 NaCl 在免疫紊乱中的重要性,并揭示了表观遗传学在潜在机制中的作用。

参考文献

Wu H , Huang X , Qiu H , et al. High salt promotes autoimmunity by TET2-induced DNA demethylation and driving the differentiation of Tfh cells[J]. Scientific Reports, 2016, 6:28065.

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