伯豪生物
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

技术简介

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将 ChIP 与新一代测序技术相结合的 ChIP-Seq 技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段。

技术原理

QQ 截图 20191206124601

技术应用

用于在全基因组范围中研究 DNA 结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。常用于 1. 查找或验证 TF(转录因子)与靶基因间的相互关系;2. 验证 lncRNA 募集的转录因子与靶基因之间相互关系;3:组蛋白修饰的整体情况。

伯豪优势

1. 建库质量高,失败率极低,每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。

2. 质控过程全程可溯,实时跟踪,反馈及时,确保数据真实可靠。

3. 基础分析丰富,展示形式可个性化定制。

4. 高级分析服务:专业的生物信息分析团队,熟悉各种分析算法和软件;根据客户的需求,提供多种个性化的实现方案。

样本要求

样品需求(ChIP 富集的 DNA)

样品纯度:OD 260/280 值应在 1.8~2.0 之间。

样品浓度:最低浓度不低于 20ng/ul。

样品总量:每个样品总量不少于 30ng。

DNA 片段大小:长度分布小于 500bp,峰在 300bp 左右。

样品溶剂:溶解在 H20 或 low TE(pH8.0)中。

样品运输:低温运输(-20℃);建议用 LoBind 管,parafilm 将管口密封好,以免污染。

数据分析

QQ 截图 20191206124713

案例展示

案例一:北大肿瘤医院发现 C8orf76 基因通过直接上调 lncRNA DUSP51P 促进胃癌发生和转移

研究背景

胃癌排全球癌症死亡率第三位,大约一半的胃癌患者的 DNA 会表现出染色体不稳定性,包括基因拷贝数的增加和减少。

早前已证明染色体的拷贝数扩增经常发生在染色体区域 8q22,8q24 和 20q11-q13,并且与胃癌患者短暂的生存期显著相关。与邻近的非肿瘤粘膜组织相比,C8orf76(即 8 染色体的第 76 个开放阅读框)是一种核蛋白编码基因,在原发性胃癌中优先扩增。

C8orf76 基因位于染色体 8q24.13 上。已有相关文献报道 C8orf76 过表达与肾癌,子宫内膜癌和乳腺癌的不良预后相关,因此在本研究中,作者评估了 C8orf76 在胃癌中的拷贝数扩增和过表达状态,并描述了 C8orf76 在胃癌发生中的功能机制和临床影响。

研究思路

QQ 截图 20191206124922

研究结果

客户通过前期高通量筛选发现 C8orf76 在胃癌(GC)中拷贝数增加,并且在两个独立的 GC 病人队列中验证发现 C8orf76 的表达上调。接着通过一系列细胞、动物实验证明 C8orf76 在 GC 中扮演促进细胞增殖、迁移 / 入侵、肿瘤发生 / 转移的重要作用。通过对 shC8orf76 细胞和对照细胞进行 RNA-seq 分析发现在 MAPK 信号通路、细胞循环,p53,wnt,TGF, 凋亡和 ErbB 的异常调节,说明 C8orf76 通过激活 MAPK 信号通络而促进肿瘤的发生。通过预测发现 C8orf76 是核内的潜在转录因子,经 ChIP-seq(由伯豪生物提供)分析发现 C8orf76 会直接调控 lncRNA DUSP51P,最后发现 siRNA DUSP5PA 后,会明显抑制癌症进程。

因此全文通过完整的实验设计证实了 C8orf76 直接与致癌的 lncRNA DUSP5P1 结合以诱导其表达并激活 MAPK 信号传导,从而促进癌症发生,同时还发现 C8orf76 可作为 GC 患者的预后因子。

参考文献

Wang X, Liang Q, Zhang L, et al. C8orf76 promotes gastric tumorigenicity and metastasis by directly inducing lncRNA DUSP5P1 and associates with patient outcomes[J]. Clinical Cancer Research, 2019, 25(10): 3128-3140.

-END-

用于分割