伯豪生物
真核转录组测序

技术简介

对于真核生物来说,在具备参考基因组的情况下,基于 Illumina HiSeq 平台的 mRNA 测序能够快速获得基因表达谱;基于测定的序列可以同时对 cSNP、可变剪接等转录本的序列及结构信息进行精确地分析;另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。

伯豪优势

样本处理:超过 200 种样本的 RNA 抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;

文库构建:兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力;

质控管理:ISO9001 认证,Illumina CSPro 认证;

数据分析:学术界权威的算法和流程;针对 mRNA、lncRNA 和 circRNA 的全面分析;灵活的定制分析。

服务流程

实验设计——样本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文库构建——测序——数据分析

样本要求

样本类型:total RNA

样本总量:>=2μg

样本浓度:>=50 ng/ul

分析流程

真核转录组测序分析流程图

真核转录组测序分析流程划分

案例展示

案例一

研究背景

玉米是世界第一大粮食产量作物。据国家统计局最新数据,2017 年全国粮食总产量 12358 亿斤,其中玉米达 4318 亿斤,占据了粮食总产三分之一强。可见,玉米在我国的粮食安全中具有举足轻重的作用。玉米胚乳是主要的营养储存组织,是发育高度分化的组织。但是目前胚乳发育和营养代谢的调控网络仍然不是很清楚。

研究结果

宋任涛教授以玉米经典籽粒突变体 opaque11 为研究对象,通过图位克隆,发现 O11 编码了胚乳特异的 bHLH 转录因子。通过 RNA-Seq(上海伯豪提供)与 ChIP-Seq 分析,全面解析了 O11 的下游调控网络。结果发现 O11 不仅直接调控胚乳发育和营养代谢的关键转录因子,还直接调控 cyPPDKs 和多种碳水化合物代谢酶。研究筛选和鉴定到多个与 O11 直接互作的蛋白,其中 ZmICE1 和 O11 协同调控冷胁迫应答相关的基因以及植物发育中重要信号开关 ZmYODA。此外研究还发现,O11 作为关键调控因子,协调了胚乳细胞发育、储藏物代谢和逆境响应等生物学过程,是胚乳整体基因调控网络的核心调控节点。

真核转录组测序案例一研究结果展示

参考文献

Fan Feng, Weiwei Qi, Yuandan Lv. et al. Opaque11 Is a Central Hub of the Regulatory Network for Maize Endosperm Development and Nutrient Metabolism. Plant Cell. 2018.

案例二

研究背景

近年来我国的乳腺癌发病率持续上升,其中三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC) 是恶性程度较高的一种乳腺癌亚型。TNBC 是指雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR) 和人表皮生长因子受体 2(Her-2) 均为阴性。TNBC 侵袭力极强,远处转移风险大,预后极差。目前 TNBC 治疗以化疗为主,手段比较单一,极易复发和转移。与其他类型乳腺癌相比,内分泌治疗和分子靶向治疗对三阴性乳腺癌均无效。因此三阴性乳腺癌的诊断手段和个性化治疗选择是研究人员关注的重要问题。

研究结果

上科院的研究人员通过 RNA-seq(上海伯豪提供)对三阴性乳腺癌(TNBC) 进行转录组学分析。研究发现 IL6 的高度异常表达以及 JAK2/STAT3 的持续活化可能是 TNBC 发生远端转移的重要原因。研究还发现是 Wwox 而非 SOCS3 在 TNBC 发生 IL6/JAK2/STAT3 信号通路持续活化过程起特异性抑制作用。一系列功能实验结果表明 Wwox 是通过与 JAK2 的结合来阻止 JAK2 和 STAT3 的磷酸化,从而降低 STAT3 的活性,进而抑制乳腺癌细胞的增殖和转移。进一步试验表明 Wwox 可以抑制 STAT3 结合到 IL- 6 启动子区域从而抑制 IL- 6 蛋白高表达。该研究首次证明了 Wwox 对肿瘤细胞 JAK2/STAT3 的高磷酸化和持续活化具有较强的抑制作用,Wwox 有望成为 TNBC 个体化治疗的新靶点。

真核转录组测序分析流程案例二研究结果

参考文献

Renxu Chang, Lele Song, Yi Xu. et al. Loss of Wwox drives metastasis in triple-negative breast cancer by JAK2/STAT3 axis. Nature Communications. 2018.

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