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circRNA 测序

技术简介

环状 RNA(circular RNA,circRNA)是在转录过程中,通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状 RNA 分子。高等动物中 circRNA 的种类和含量远远超过预期。circRNA 测序能够快检测样本中 circRNA 的种类并进行表达定量,结合生物信息学挖掘手段,研究 circRNA 的功能和调控机制。

仪器平台

Illumina Hiseq X-10

技术应用

circRNA 可以作为“microRNA 海绵”,即竞争性内源 RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),结合胞内 miRNA,阻断 miRNA 对其靶基因的抑制作用。circRNA 也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外,circRNA 的表达呈现出很强的组织特异性,也暗示 circRNA 具有重要的生物学功能。

伯豪优势

样本处理:丰富的 RNA 抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;

文库构建:高效的 rRNA 去除和线性 RNA 消化;

质控管理:ISO9001 认证,Illumina CSPro 认证;

数据分析:针对 circRNA 剪接位点定量和差异分析的权威算法;全面的分析内容;灵活   的定制分析;

项目成果:协助客户在 Genome Biology,EMBO Research 等顶刊上发表文章。

样本要求

样本类型:total RNA

样本总量:>=5 μg

样本浓度:>=50 ng/ul

推荐数据量:>=12 Gb/ 样本

分析流程

circRNA 测序分析流程图

circRNA 测序基础分析与高级分析

案例解析

案例一

FLI1 是 ETS 转录因子蛋白家族成员,是血液恶性肿瘤的驱动基因,能够促进多种实体瘤的生长。CircRNAs, 作为一类新的非编码 RNA,主要由外显子或内含子背面剪接或套索内含子产生。研究人员利用由 Crispr/dCas9 介导的免疫共沉淀方法(CasIP),对 FLI1 启动子染色质复合物进行了研究,通过高通量测序,研究人员确定了 FLI1 外显子环状 RNA FECR1 的存在,进一步的研究表明 FECR1 是由 FLI1 外显子 4 和外显子 2 之间反向剪接形成的。值得注意的是,FECR1 与 FLI1 启动子顺式结合并募集 DNA 去甲基化酶 TET1 复合物。在乳腺癌中,FECR1 作为正反馈调节剂起作用,通过协调 DNA 甲基化来激活 FLI1,促进癌细胞发生转移。

原文出处:Naifei Chen, Gang Zhao, Xu Yan, et al. A novel FLI1 exonic circular RNA promotes metastasis in breast cancer by coordinately regulating TET1 and DNMT1. Genome Bio. (2018) 19:218

circRNA 测序应用案例一配图

案例二

CircRNA 是一类具有闭合环形结构的非编码 RNA,是现阶段转录组学研究的新星。本研究从 circRNA 的角度出发,深入阐述了一个 circRNA 在膀胱癌中的作用机制。研究人员对 3 对配对癌组织和正常膀胱组织进行了 circRNA 特异性的高通量测序,进一步的分析和大样本鉴定表明,circHIPK3 在 79.5% 的膀胱癌组织中特异性降低,并与淋巴结转移相关。通过 miRanda,PITA 和 RNAhybrid 预测,发现有 12 个 miRNA 能与之结合。Pull down 实验表明,miR-558 能在 T24T 和 UMUC3 中与 circHIPK3 结合。CrcHIPK3 则通过吸附 miR-558,调控 HPSE 的转录来影响细胞的迁移,侵袭和血管生成。

原文出处:Yawei Li, Fuxin Zheng, Xingyuan Xiao, et al. The RNA binding protein quaking regulates formation of circRNAs. EMBO Rep. 2017 Sep;18(9):1646-1659.

circRNA 测序应用案例二配图

服务流程

实验设计——样本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——线性 RNA 消化——文库构建——测序——数据分析


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