伯豪生物
转录组 De novo 测序

技术简介

在所研究的物种不具备参考基因组时,通过 de novo 分析策略,转录组测序可以帮助研究人员快速获取该物种的 mRNA 序列,并预测可能的非编码 RNA。此外,在分析基因表达水平的同时,还可以获得 cSNP,从而提供全面的转录组信息。

伯豪优势

样本处理:超过 200 种样本的 RNA 抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;

文库构建:低至 200ng 起始的建库能力,另有单细胞(微量)测序解决方案;

质控管理:ISO9001 认证,Illumina CSPro 认证;

数据分析:开源算法与商业化软件保证拼接效果;全面的数据库注释;灵活的定制分析。

服务流程

实验设计——样本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文库构建——测序——数据分析

样本要求

样本类型:total RNA

样本总量:>=2 μg

样本浓度:>=50 ng/ul

推荐数据量:>=6 Gb/ 样本

数据分析

转录组 Denovo 测序分析流程

转录组 Denovo 分析分类

案例解析

案例一

上海伯豪携手广东农业科学院对兜兰(Paphiopedilum)单独开花行为与简单重复序列标记的开发利用进行了深入的研究。兜兰是一种可以单独开花的长青类多年生植物,但是人们对其有关开花行为的基因组信息却知之甚少。通过 de novo 转录组测序服务对同色兜兰(Paphiopedilum concolor)、带叶兜兰(Paphiopedilum hirsutissimum)以及两个栽培品种进行了测序。通过测序,研究人员发现了一些与单独开花行为有关的转录因子。同时还找到了 20969 个可用于分子标记的 EST-SSR 以及 15137 个引物 SSR。该工作为人们对兜兰开花与花的发育的分子机制有了一定的了解。

原文出处:Li DM, Wu W, Zhang D, et al. Floral Transcriptome Analyses of Four Paphiopedilum Orchids with Distinct Flowering Behaviors and Development of Simple Sequence Repeat Markers. Plant Mol Bio Rep. 2015, 33(6):1928-52.

转录组 Denovo 测序案例一配图

图:主要调控机制示意图

案例二

上海伯豪携手安徽农业大学植保学院,使用 Illumina 测序平台对黄粉甲(Tenebrio molitor,一种鞘翅目昆虫)进行转录组测序,de novo 拼接获得了 35,363 条 unigenes,其中 18,820 条 unigenes 与 NR 蛋白质数据库中已注释的蛋白能够较好地匹配,GO 和 COG 被用于分析基因的潜在功能。最终在黄粉甲触角转录组中鉴定出了 19 个 OBP 基因,12 个 CSP 基因,20 个 OR 基因,6 个 IR 基因,2 个 SNMP 基因。本研究是首次对黄粉甲触角进行转录组学研究,为深入研究鞘翅目嗅觉基因的功能奠定了坚实的基础。

原文出处:Liu S, Rao XJ, Li MY, et al. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2015, 13:44-51.

转录组 Denovo 测序案例二配图

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