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small RNA 测序

技术简介

small RNA 是指长度在 18~30nt 的内源性 RNA,包括 miRNA,siRNA 和 piRNA 等。它们在 mRNA 的转录及转录后水平的调控中发挥重要作用,参与细胞生长、分化、代谢等各个生物学过程,对生物体的正常发育和疾病过程起着关键作用。Small RNA 测序是指基于高通量测序平台对目标样本的 small RNA 进行大规模检测,同时发现新的小 RNA,结合生物信息学挖掘手段,研究 small RNA 的功能、结构和调控机制。

伯豪优势

样本处理:超过 200 种样本的 RNA 抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;

文库构建:兼容组织、细胞、FFPE、血浆、外泌体等特殊样本的建库能力;

质控管理:ISO9001 认证,Illumina CSPro 认证;

数据分析:学术界权威的算法;针对 miRNA、siRNA、piRNA 和 tRFs 的特定分析流程;全面的分析内容;灵活的定制分析;

项目成果:协助客户在 miRNA、piRNA、tRFs 领域发表多篇论文。

服务流程

实验设计——样本取材——RNA 抽提——文库构建——测序——数据分析

样本要求

样本类型:含有 samll RNA 的 total RNA

样本总量:>=2μg

样本浓度:>=50ng/ul

推荐数据量:>=20M reads/ 样本

数据分析

smallRNA 测序数据分析

smallRNA 测序数据分析分类

案例解析

案例一

外泌体携带蛋白质、mRNA 和 miRNA,参与细胞废物管理和细胞间通讯。在细胞和动物模型中,mTORC1 的持续激活会抑制外泌体的释放,导致细胞内 CD63 阳性外泌体前体的积累。雷帕霉素或营养和生长因子的缺乏会抑制 mTORC1 并促进外泌体释放,同时引起细胞自噬。对雷帕霉素处理的细胞所释放外泌体中成分含量的分析发现,抑制 mTORC1 并不会显著改变其大多数蛋白和 miRNA 的组成。这一研究揭示了外泌体分泌受营养调节的机制,提示 mTORC1 可能通过同时抑制自噬与外泌体释放,导致细胞内废物累积,从而促进衰老。

原文出处:Zou W, Lai M, Zhang Y. et al. Exosome Release Is Regulated by mTORC1. Adv Sci. 2018 Dec 11;6(3):1801313.

smallRNA 测序案例一配图

图:mTORC1 处理后外泌体 miRNA 及蛋白质组成

案例二

研究背景

生殖系细胞中存在一类特异地与 PIWI 家族蛋白质相互作用的小分子 RNA,即 PIWI-interacting RNA,简称 piRNA,能够引导蛋白质沉默散落于基因组中的转座子,从而束缚转座子,维持基因组的稳定性和完整性。piRNA 的 5′末端具有很强的 U 碱基偏好性,其 3' 末端被 2′-O-Me 修饰,以保护其免受核酸外切酶降解。Pnldc1 突变小鼠表现出了减数分裂和精子发生时期障碍,这种功能缺陷与 LINE1 活性相关。文章证实了 PNLDC1 对于 piRNA 前体 3‘修剪具有必要的作用,使得 30-40 nt piRNAs 前体能够转化为成熟的 piRNA,而 Pnldc1 突变小鼠仍然能够正常进行 5‘piRNA 修剪。Pnldc1 突变小鼠中由于 3’不能正常发生修剪而形成的变长的 piRNA,虽然能够与 MILI 蛋白结合,却不能发挥正常的生理功能,致使 L1 转座子不能正常沉默而导致雄性不育。

原文出处:Cui Yq, G Xj, Shen B. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice. Cell Res.10.1038/cr.2017.125.

smallRNA 测序案例二配图

图 piRNA 在 Pnldc1 突变小鼠中 24-30nt 的前粗线期 piRNA 总量减少了 72.51%

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