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高中低通量 SNP 检测

一、基于多重 PCR 的目标区段 /SNP 的高通量重测序

设计和优化多重 PCR 引物,扩增目标区域,不同样本加上不同 index 区分,利用高通量测序平台进行深度测序,鉴定目标区域中的多态或突变位点。

优点:自主引物设计及优化平台,保证测序结果特异性及均一性;针对研究目标,灵活定制研究方案,测序有效覆盖度 95% 以上,准确率 >98%。

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二、KASP 基因分型技术

KASP(Kompetitive Allele-Specific PCR),即竞争性等位基因特异性 PCR。KASP 反应包括 Primer Mix 和 Master Mix 两种主要成分。Primer Mix 由两条末端碱基不同的等位基因正向引物与一条反向引物构成,两条正向引物 5’端分别连有不同序列的检测引物序列。Master Mix 包含两条带有不同荧光的检测引物。

优点:优异的准确性(独立评价的准确性 >99.8%);超强的灵活性;前所未有的低成本(无需昂贵的双色标记探针);高效的成熟技术。

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三、Fluidigm 技术对 SNP 位点的验证

Fluidigm 的核心技术是微流控阀门技术,Biomark HD 系统是目前唯一一种可进行基因分型、基因表达 profling、实时数字定量 PCR (qdPCR) 和单细胞分析的多用途实时 PCR 系统。Fluidigm BioMark 有三种芯片:96*96,48*48 和 192*24。

优点:高通量,成本低;灵敏度高,位点特异性探针,荧光标记的延伸引物,与 Taqman 金标准吻合度高;时间短,从样本处理到拿到数据 3 - 4 个小时;灵活性,任意物种,只要知道目的序列,探针可以定制。

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四、MassARRAY 质谱分析的基因分型平台

通过 PCR 将覆盖 SNP 位点的 DNA 序列扩增出来,然后应用单一延伸引物(extension primer) 扩增 PCR 产物,然后用飞行质谱进行分析,根据差别进行分型。

优点:高性价比,在所有的 SNP 分型方法中,价格最低;高准确性,采用尖端的飞行质谱的分型技术,比 RT-PCR 技术更精准;高通量,一张芯片可对 384 个样本进行多重检测,每个体系最多实现 36 重反应;广泛性:可测试各种类型的样本;高效性,全自动分析数据,最快一天内可以完成基因分型报告。

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五、一代测序的基因分型平台

第一代 DNA 测序技术(又称 Sanger 测序)在 1975 年,由 Sanger 等人开创,并在 1977 年完成第一个基因组序列(噬菌体 X174),全长 5375 个碱基。2001 年完成的首个人类基因组图谱就是利用了改进的 Sanger 法。SNP 分型检测的金标准,既能检测已知 SNP,也能发现未知 SNP。但是流程相对复杂,成本较高,工作量大,周期长,不适合大样本、多位点检测。

优点: 准确度高、操作简便、周期短。

缺点: 一代测序技术难以胜任微量 DNA 样品及大量样本和位点的测序。

适用范围:  位点明确、个数少、样本量少的验证及检测。

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