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RNA甲基化测序(MeRIP-seq)

MeRIP-seq介绍

m6A是一种常见的RNA甲基化修饰方式,研究表明它在调控基因表达、剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。伯豪生物最新开发微量MeRIP-seq技术,利用最新的去rRNA技术,可以同时检测mRNA, lncRNA及circRNA甲基化修饰图谱,帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组研究的关键技术。最值得关注的是微量MeRIP-seq技术通过技术优化,大幅降低MeRIP的样本起始要求量,仅1-20μg总RNA即可满足实验要求。


伯豪特色

1. 样本处理:样本处理经验丰富

2. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证

3. 数据分析:学术界权威算法和流程;全面的分析内容;灵活的定制分析


技术参数

1. 物种信息:人、大鼠、小鼠

2. 样本要求: 组织质量为10-20mg

                     

3. 测序模式:illumina Hiseq PE150

4. 推荐数据量:≥6Gb/样本


服务流程

实验设计——抗体富集——文库构建——测序——数据分析


数据分析

 

数据分析内容列表

 

参考文献

 

为了研究m 6 A mRNA甲基化在细胞增殖和肿瘤发生中的作用,作者研究了在甲基转移酶复合物(METTL14)存在R298P热点突变的子宫内膜癌。作者发现约70%的子宫内膜肿瘤患者表现出m 6 A甲基化的减少,推测这可能是由于METTL14突变(m6A的writer)或METTL3(m6A的writer)的表达降低所致。上述变化通过激活AKT途径导致子宫内膜癌细胞的增殖和肿瘤发生机率增加。减少m 6 A甲基化导致降低AKT通路中的起负调控作用PHLPP2的表达和AKT通路正调节因子mTORC2的表达。总之,这些结果揭示了m 6 A mRNA甲基化减少是子宫内膜癌中的致癌机制,并确定了m 6 A甲基化可作为AKT信号传导的调节剂。


研究思路

 

结果展示

 

图1 AKT通路相关基因中肿瘤组织相对正常组织m6A低甲基化

 

图2 m6A低甲基化介导AKT通路促进癌症发生的机制:m6A甲基化通常通过促进m6A依赖的PHLPP2翻译和m6A依赖的mTORC2亚基转录本降解来减弱AKT通路活性。PHLPP2磷酸酶的上调和mTORC2激酶的下调均通过维持AKT的去磷酸化而抑制AKT活性。m6A甲基化的减少破坏了这些转录本的调控,导致PHLPP2表达降低,mTORC2表达增加,AKT活性增加。

 

参考文献

Liu J, Eckert M A, Harada B T, et al. m 6 A mRNA methylation regulates AKT activity to promote the proliferation and tumorigenicity of endometrial cancer[J]. Nature cell biology, 2018, 20(9): 1074.