技术服务热线:800-820-5086 | 400-880-5086 登录 | 注册 ENGLISH

ATAC-seq(基于高通量测序的染色质转座酶可接近性研究)

ATAC-seq介绍

在有限的细胞核空间中,基因组的大部分是紧密折叠的,仅留下需要转录的部分是开放的。活化的调控序列上结合有转录因子,转录因子会招募其他蛋白启动基因转录。人体内有些基因几乎一直处于开启状态,有些基因用过之后就被闲置在一边,它们的活性都处于严格的调控之下。因此,人们有巨大的兴趣来确定一个给定的细胞类型中哪些基因组区域是有活性的。美国斯坦福大学的Howard Chang开发一种被称作ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing), 利用高通量测序技术检测转座酶易接近染色质的技术。 ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。在ATAC-seq技术中, DNA探针(作为转座子发挥作用)通过酶促反应(转座酶Tn5)被整合到基因组的开放区域,然后通过测序来鉴定这些区域

 

伯豪特色

1. 样本处理:哺乳动物,植物样本处理经验丰富

2. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证

3. 数据分析:学术界权威算法和流程;全面的分析内容;灵活的定制分析


技术参数

1. 样本类型:组织、细胞、血液

2. 测序模式:illumina Hiseq PE150

3. 推荐数据量:≥10Gb/样本


服务流程

实验设计——单细胞悬液制备——微量扩增——文库构建——测序——数据分析


数据分析

分析流程

 

数据分析内容列表

 

 

 

参考文献

本文以研究人类精原干细胞(hSSCs)的DNA甲基化(DNAme),染色质和转录状态为目的,以了解转录,信号和代谢状态在hSSC分化过程中的转变。文章中使用的关键技术包括ATAC-seq、WGBS、RNA-seq。

作者发现hSSC具有独特的DNA甲基化和开放染色质景观,同时发现开放的染色质富含激素受体的结合位点和潜在的先驱因子,这可能会激发hSSCs的激素反应。最重要的是,单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析揭示了从hSSCs向分化c-KIT +过渡期间存4种不同的细胞状态,描绘了hSSCs潜在的发育轨迹,hSSC从静止到增殖,代谢活跃、到分化为精原细胞的4种细胞状态。此外,还使用免疫荧光直接可视化scRNA-seq鉴定的差异表达基因子集的蛋白质表达,原位验证关键基因组学发现。


研究思路

 

结果展示

 

1. ATAC-seq揭示的hSSCs中独特的染色质景观。

 

2. hSSCs中染色质潜在的“稳定”的多能性

 

参考文献

Guo J, Grow E J, Yi C, et al. Chromatin and single-cell RNA-seq profiling reveal dynamic signaling and metabolic transitions during human spermatogonial stem cell development[J]. Cell Stem Cell, 2017, 21(4): 533-546. e6.