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基因组-Affymetrix OncoScan FFPE芯片检测服务

OncoScan™ FFPE芯片简介

全基因组拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)在肿瘤的研究中占据十分重要的地位。目前,CNV已被多项研究证明参与了癌症的发生和发展,其数量和复杂程度更是许多癌症的预后指标。2013年9月Nature杂志发表了一篇对3299份来自于12种实体瘤样本的研究,结论表明肿瘤可以依据驱动因素,分为M class (mutation driven,基因突变驱动) 和C class (copy number driven,拷贝数变异驱动)。其中,卵巢癌、乳腺癌、肺(鳞)癌及头颈癌等癌症中,CNV类型的驱动突变多于基因突变。这充分表明了CNV在肿瘤研究中的重要性。福尔马林固定、石蜡包埋(formalin fixation and paraffin embedding,FFPE)是肿瘤医学领域常见的样本形式。FFPE样本通常珍贵且保存时间长,存在样本量稀少和高度降解的问题。Affymetrix 公司的OncoScan™ FFPE检测产品针对降解状态的FFPE样本,开发了分子倒置探针(MIP)技术,在一个试验中轻松完成拷贝数变异和杂合性缺失(LOH)检测,并能检测常见的获得性突变。

 

OncoScan™ FFPE芯片特点

  1. 使用分子倒置探针(MIP)技术,针对FFPE样本优化设计(探针结合处只需40bp的碱基);
  2. 经7000多个样本验证,试验成功率>90%;所需起始DNA量少,陈旧FFPE样本也有效(10年或者更久);
  3. 针对约900种癌基因,能达到50-100kb拷贝数的分辨率;
  4. 癌基因外的全基因扫描,可达到300kb的分辨率;
  5. 可检测全基因组LOH缺失,包括拷贝数中性的LOH(copy neutral LOH);
  6. 检测动态范围可以高达10拷贝以上;
  7. 对关键癌基因如ERBB2 (Her2)、EGFR、MDM2、MYCFGFR1等,证实与FISH验证的扩增一致。

 

伯豪特色

  1. 伯豪样本中心具有10年FFPE样本处理经验,应对不同降解情况、不同类别的肿瘤FFPE样本有独到的处理方法;
  2. 伯豪是通过Affymetrix认证的技术服务供应商,质量稳定,售后有保障;
  3. 项目经验丰富,特别是在肿瘤队列相关分析中可提供多样化的分析;
  4. 对接伯豪特色的生物标志物开发服务,使用机器学习算法开发基于肿瘤CNV的生物标志物;
  5. 伯豪拥有完整的组学平台,可提供多组学的一站式解决方案。

 

OncoScan™ FFPE芯片样本要求

样本准备及建议:

  • FFPE切片(10片左右,切片厚度10um左右)

样品量要求:

  1. 样品纯度:RNA 应该去除干净;
  2. 样品浓度:浓度不低于12ng/µl;
  3. 样品溶剂:溶解在Reduced TE(10mM Tris, pH 8,0,0.1mM EDTA)中;
  4. 样品运输: DNA低温运输(-20℃);在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防污染。

 

OncoScan™ FFPE芯片参数

 

分析内容 

OncoScan™ FFPE芯片检测结果展示

通过OncoScan™ FFPE观察样本的CNV和LOH

拷贝数探针强度(log2ratio)与B等位基因频率(B-Allele Frequency, BAF)的结果是判断样本是否发生了CNV和LOH的直接依据。图1展示了拷贝数增加(左圈)和减少(右圈)的示例。

拷贝数增加使log2ratio大于0,且等位基因由2个等位基因增加为3个,因此BAF出现了4条带型,带型的频率分布根据肿瘤样本和正常样本的比例决定。拷贝数减少也会出现4个带型,原理相似。

 

OncoScan™ FFPE可反映样本的亚克隆结构

肿瘤样本具有高度异质性,通过OncoScan™ FFPE芯片的分析,可以观察样本中的亚克隆结构。图2展示了样本中存在2个亚克隆时的情况。2个克隆由于在组织中占比不同,因此发生缺失时log2ratio将出现2个小于0的不同数值,且BAF带型也将呈现两种状态。