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转录组-单细胞RNA测序

单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing) 是指在单细胞水平上对 RNA进行高通量测序和分析的新技术。 不同于常规 Bulk Sequencing(组织或细胞群测序) 得到的结果只是大量细胞的平均表达水平,单细胞测序能够深入挖掘细胞特异性的信息。 目前,单细胞测序已广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境、神经科学、胚胎发育、细胞分化等领域的研究。


伯豪特色

6年的单细胞服务经验,协助客户在Cell ResearchNature Neuroscience等杂志上发表文章。

拥有三大单细胞测序服务平台,包括低通量的SMART-seq,以及高通量的10X genomicsBD Rhapsody的单细胞RNA测序服务平台。

自主研发的单细胞组织保护液,保证了新鲜组织样本的低温存储和运输。

累计成功完成30余种组织类型的单细胞悬液制备(包括人外周血液细胞,临床组织及大小鼠组织或器官)。针对单细胞悬液制备过程中遇到的主要问题,如死细胞比例高、活性达不到上机要求;细胞形态异常;细胞消化不完全、聚集成团、碎片偏多、红细胞比例偏高等,公司单细胞测序团队通过已经积累的经验,为客户提供合理化的建议,提高单细胞测序的成功率。

 完善的数据处理方法,及个性化的分析方法.


技术参数

SMART-seq

1. 建库起始量:1~100 cells;

2. 测序模式:Illumina HiSeq PE150;

3. 推荐数据量:>=6 Gb/样本。


10X genomics & BD Rhapsody

1. 总量> 105目标细胞个数(最少10,000个细胞);

2. 浓度500-1,000个/uL;

3. 细胞间无粘连(成团率<5%);

4. 无大于40um的细胞碎片或其他颗粒物;

5. 细胞成活率应大于80%(台盼蓝染色检测);

6. 不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。

 

服务流程

 

数据分析

包括数据预处理,基础分析,高级分析和个性化分析,部分分析结果展示如下:

 

消除批次效应

 

细胞亚群聚类及可视化

 

细胞类群注释

 

不同 cluster 转录本表达丰度分布统计                                             不同 cluster 细胞数目统计

 

Marker 基因分析

 

患者之间的代谢特征差异分析

 

拟时序分化转录因子调控网络