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-原核转录组测序

原核转录组测序介绍

原核生物的mRNA没有polyA结构,因此可采用rRNA去除的方法,采用链特异性测序同时对原核生物的mRNA和ncRNA进行高通量测序。

 

伯豪优势

  1. 样本处理:超过70种细菌的RNA抽提经验;
  2. 文库构建:高效的原核生物rRNA去除方法,低至200ng起始的建库能力;
  3. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证;
  4. 数据分析:学术界权威的算法和流程;分析内容涵盖原核生物的mRNA和ncRNA;灵活的定制分析;
  5. 项目成果:协助客户发表多篇论文,影响因子8.258。

 

技术参数

  1. 样本类型:total RNA、菌体、菌液等;
  2. 建库起始量:total RNA >=2 μg(低至100ng);浓度>=50 ng/ul;
  3. 测序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推荐数据量:>=6 Gb/样本。

 

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——rRNA去除——文库构建——测序——数据分析

 

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

 

案例展示

案例一

上海伯豪携手上海交通大学对吸水链霉菌5008(Streptomyces hygroscopicus 5008)高产量生产井岗霉素(Validamycin)的研究做出重要贡献。研究人员对吸水链霉菌的γ-丁内酯(GBL)合成基因afsA与丁内酯受体基因arpA分别进行敲除和过表达改造。通过上海伯豪的Illumina Hiseq2500 mRNA测序服务对吸水链霉菌基因变化进行分析,从而开发得到了井岗霉素高产量的吸水链霉菌(产量比改造前增加55%),为吸水链霉菌生产井冈霉素的基因工程改造做出了重要贡献。
原文出处:Tan GY, Peng Y, Lu C, et al. Engineering validamycin production by tandem deletion of γ-butyrolactone receptor genes in Streptomyces hygroscopicus 5008. Metab Eng. 2015, 28:74-81.

 

案例二

上海伯豪携手上海生科院植物生理与生态研究所对地中海拟无枝酸菌U32进行mRNA转录组测序研究营养供给对地中海拟无枝酸菌U32产生的影响。研究发现,在养分充足的条件下,地中海拟无枝酸菌U32无论是利福霉素合成基因还是利福霉素前体基因均表现出了较高水平的表达。与之相反,在缺乏营养的培养基中,地中海拟无枝酸菌U32的利福霉素合成基因与利福霉素前体基因表达量大幅下降。据此,研究人员提出假设认为地中海拟无枝酸菌U32将营养物质合成利福霉素是通过增加利福霉素前体供应以及相关酶类的合成来实现的。
原文出处:Shao ZH, Ren SX, Liu XQ, et al. A preliminary study of the mechanism of nitrate-stimulated remarkable increase of rifamycin production in Amycolatopsis mediterranei U32 by RNA-seq. Microb Cell Fact. 2015,

14:75.