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生信分析平台

1. 硬件设备 — “高性能计算节点+高速网络+高效能存储”的整套解决方案

上海伯豪生物技术有限公司根据自身基因组学服务的需要定制了天梭TS10000高性能集群,共由20个节点和1个存储构成,储存能力达到150TB,计算能力超过1.8亿次每秒以上。该集群在设计上专注于提高HPC应用的运行效率,增强系统的可扩展性,致力于提升系统的总体计算能力、加速节点间的数据交换和系统的I/O带宽。同时,上海伯豪生物技术有限公司还根据实际运算需求,开发了不同级别的软件应用,促进系统内部服务器、存储、应用之间最大限度趋近协同运算。

整体硬件设计采用了 “高性能计算节点+高速网络+高效能存储”的整套定制方案。计算节点采用的是基于Intel®至强®5500处理器的浪潮NF5220和四路六核服务器NF520D2。该集群不仅计算性能高,还具有高扩展、低功耗的特点,由于采用了智能功耗控制技术,该集群整体功耗比同类产品至少降低10%,在任务较少时,还可以通过浪潮天梭监管软件远程关闭没有工作的节点,进一步节能减耗。



2. 软件设备 — 商业化和自主开发相结合的微阵列芯片生物信息分析综合解决方案

伯豪生物信息平台的软件系统采用商业化和自主开发相结合的方式建立了微阵列芯片数据分析综合解决方案,可针对表达谱芯片、miRNA芯片、SNP芯片、DNA甲基化芯片、CGH芯片等提供各种个性化服务。

同时,伯豪生物还针对广大科研工作者设计工作需要开发向伯豪用户开放的个性化实时在线分析系统—SBC Analysis System,SAS系统。

该系统核心算法基于R语言(R-software)程序包,可以完成大部分的表达谱分析运算,系统本地整合8大公共数据库,实现对多个数据库的交叉查询,帮助您发现实验揭示的生物学意义。

该在线分析系统将帮助广大科研工作者表达谱芯片进行各类统计学分析和功能注释工作。这些分析包括,差异倍数计算(Fold Change),t检验(t-Test),SAM检验(Significant Analysis of Microarray, SAM),一维方差分析(one-way ANOVA),二维方差分析(two-way ANOVA),相关性分析(Correlation analysis),聚类分析(Unsupervised hierarchical clustering),主成份分析(Principal Component Analysis,PCA),GO富集分析(GO enrichment analysis),pathway富集分析(Pathway enrichment analysis),microRNA检索,蛋白质相互作用检索(protein interaction)等。